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訓練教育部部長初期由園田大佐擔任，後期由西俊英中佐接任。下設衛生兵教育隊、特種人員訓練隊、少年隊等。這個部專門培訓從事細菌研究、細菌生產、細菌實驗和使用細菌武器的專業人員。
資材部由大谷章一少將任部長。下設第1倉庫、第2倉庫、兵器庫、菌苗血清庫等。負責貯存與供應各種生產器材裝置，同時還承擔實驗動物的運輸和各類菌苗、疫苗的貯存保管。
&ldo;石井&rdo;動物飼養班設定了繁殖細菌傳播媒介物的分部，該班班長是石井四郎的三哥石井三男。
診療部部長為永山太郎大佐擔任。設門診部、日本軍人家屬醫院，負責對日本人疾病的預防和治療。
牡丹江支隊又稱海林支隊、643支隊，第一任支隊長是池井貞夫，第二任支隊長是尾上正男少佐。設在海林鎮東北6公里處的後腰屯(現在的福利屯)，編有日本研究人員200名。當時這裡以一條南北道為界，西半部是中國居民，東半部是643支隊的營區。營區佔地28萬平方米，長方形的四周圍有帶刺鐵絲網。
營舍佔據地盤不大，大部分土地為農田。從海林車站延伸過來的鐵路專用線，從該支隊營區東部透過。
林口支隊又稱162支隊，第一任支隊長是山口吾一，最後一任是癨原秀夫少佐。設在林口鎮和古城鎮（現叫新城）之間。
林口是牡佳線和林密鐵路的交通樞紐，是東北地區東部的邊防要塞。該支隊的人員共226名，其中有3名軍醫、1名司藥官、1名軍需官和5名將佐級軍官以及60名軍人。下設總務處(計劃、經理、庶務)，第1處(負責細菌傳染的研究和動物培養)，第2處(負責防疫給水研究)，資材處(負責器材保管，備有甲式濾水器2臺、汽車40輛、顯微鏡20臺、大型高壓菌槽2個，外有其他物品甚多)。
林口支隊的主要任務是配製跳蚤和各類動物。通常在動物室東面的一個大房間內飼養著從日本運來的白鼠2000餘只，由日本人親自飼養；西面的五個房間裝有本地的各種鼠類，由一名日本兵領著四名中國勞工進行飼養。在其餘各房間內，飼養著兔子四五十隻，荷蘭豬七八十隻，還有12條狗。每隔一個星期，癨原秀夫帶領日本研究人員到動物舍給動物抽血，有時在地下室內{{{{{宰殺當地鼠取血。由於鼠類供不應求，這個支隊還不止一次地組織隊員到附近各地捕捉黃鼠。據曾在162支隊服役的上野證實：&ldo;在林口支隊，捕鼠工作比培養細菌還重要。我在第2處防疫室工作階段，曾參加兩三個月的捕鼠工作。外出捕鼠時，不準提部隊的名稱，穿著便服讓人看不出是哪個部隊的。從1944年末開始，僅用兩三個禮拜的時間，就在千振、佳木斯一帶活捉50000隻老鼠。&rdo;該支隊也很重視跳蚤培養工作。據癨原供稱，為加速培養跳蚤，1945年6月，根據哈爾濱731部隊的命令，派細矢少佐到本部領來一公斤母本跳蚤，由細矢少佐及四名軍人負責進行培養。
162支隊還負責細菌研究和細菌生產。據在該支隊第1部細菌實驗室擔任見習實驗員的久留島佐詞供稱：&ldo;我在宮豐軍曹和細尾軍醫少佐的領導下，把結核菌、傷寒菌、副傷寒菌放到營養液上去，準備實驗儀器，調節孵育器的溫度。&rdo;這顯然是在試製細菌。
162支隊敗退前，把檔案資料、貴重儀器投進鍋爐裡燒掉了。8月11日，他們又慌忙地把部隊的房舍全部點火燒光。據癨原秀夫被俘後說：1945年8月9日蘇聯出兵後，支隊受命配屬於駐延吉的第3軍。11日蘇軍進駐八面通。本部裝載物資向牡丹江進發，因道路已壞，在樺林被蘇軍襲擊，部隊人員多數陣亡。
孫吳支隊又稱673支隊，第一任支隊長是佐佐木義孝
