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小智三人走在旅行的路上，小智一邊走路一邊回憶著劇情：妙蛙種子，小火龍，下一處是傑尼龜軍團了。想到傑尼龜軍團，小智突然停下了腳步，對皮卡丘說道：“皮卡丘，麻煩你對前面的路掃蕩下，十萬伏特。”皮卡丘雖然不懂為什麼，但還是釋放出十萬伏特將眼前的草叢掃蕩了一下，小智看著出現的一個個坑，心說：果然如此！
就在這時，一群傑尼龜突然出現，在小智一行人還沒反應過來，釋放了水槍，把小智一行人淋成了落湯雞。
這可把小霞惹火了，只見小霞怒氣衝衝地對傑尼龜軍團吼道：“可惡啊！你們這群傑尼龜是怎麼回事啊？這麼沒禮貌！”吼完後就要去教訓這群傑尼龜，小智立馬伸手拉住小霞：“冷靜一下。我看這些傑尼龜沒什麼惡意。就是喜歡惡作劇。”
這時警笛聲從遠處傳來，而傑尼龜軍團聽到警笛聲音感到不妙，就立刻都逃跑了。君莎小姐趕到後第一時間關心起小智一行人的安全：“你們都沒事吧？”小霞生氣地回答道：“怎麼沒事？沒看見我們三個人都成了落湯雞了嗎？”小智揺手錶示沒事，小剛則難得地沒犯花痴，只是問了一下：“君莎小姐，請問那些傑尼龜是怎麼回事？”
君莎小姐和小智一行人邊走邊說道：“那些傑尼龜都是曾經被訓練家拋棄的寶可夢，後來走到一起，組成了傑尼龜軍團，到處搞亂，惡作劇。比方說在房屋牆壁上塗鴉，搶劫水果之類的事情。”說完，嘆了口氣，感慨道：“要是當初遇上好的訓練家就好了！”
聽到這裡，小智也有所觸動，因為被自己收服了的寶可夢都有類似情況。小霞也不生那些傑尼龜的氣了，畢竟所謂的傑尼龜軍團也只是群搞蛋鬼而已。
就這樣，小智一行人跟著君莎小姐來到了一個小鎮上，小智從君莎小姐的口中得知了傑尼龜軍團就是在這裡聚集的，君莎小姐還要小智一行人小心點，別中了傑尼龜軍團佈置的陷阱。小智一行人也都點了點頭，示意自己知道。隨後，君莎小姐以公務為由，和小智一行人分開了。
就在小智一行人和君莎小姐分開不久，一不留神就中了個陷阱，不過這次不是傑尼龜軍團，而是老熟人——火箭隊挖的。中了陷阱後，小智問道：“這裡怎麼有陷阱啊？”
“……（火箭隊經典登場臺詞）”
小次郎乘先說道：“這次你們中了陷阱，奉勸一句：乖乖地把皮卡丘交出來！”武藏附和道：“沒錯，我們只要皮卡丘。”看到火箭隊沒做防電措施，小智立刻讓皮卡丘攻擊：“皮卡丘，使用十萬伏特吧！”
在一聲“好討厭的感覺啊！”的叫喊聲中，火箭隊又被趕跑了。小智一行人也乘機從陷阱中出來。
從陷阱中出來的小智一行人發現自己已經被傑尼龜軍團包圍了，見自己被傑尼龜包圍了，小智和小霞知道必須將這些傑尼龜收服才行，小剛則對這些傑尼龜不感興趣，所以只有小智和小霞放出自己的寶可夢來戰鬥。
小智派出皮卡丘，對戰傑尼龜中的老大，小霞則派出自己的寶石海星，和其它傑尼龜戰鬥。小剛則看著小智和小霞。
“皮卡丘，使用十萬伏特。”
“寶石海星，我們也使用十萬伏特。”
就這樣，傑尼龜們一點反抗都沒有，就被皮卡丘和寶石海星的十萬伏特電暈了，小智收服了傑尼龜的老大，小霞則將其它傑尼龜收服了，不過，小霞的傑尼龜全都被傳回了華藍道館，小智則把超音蝠傳回去了，傑尼龜留在小智的身上。
傑尼龜軍團解決，小智一行人接著踏上旅途。
