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蔡元培看到《新青年》，非常喜歡，第二天一早就去拜訪陳獨秀。陳貪睡，蔡元培就在門口一直等他醒來，當即聘他為文科學長。黃侃、馬裕藻很不高興，抱怨道：“陳獨秀不過能寫點筆記文，怎麼能作文科學長。”蔡元培說：“仲甫精通訓詁音韻之學，如何做不得學長？”
上海的莊森先生髮表了一篇文章，題目叫《蔡元培為陳獨秀編造假履歷》。內容說，蔡元培（孓民）校長為了使當時的教育部批准陳獨秀出任北京大學文科學長，造假說陳獨秀曾畢業於日本大學，曾在安徽高等學校擔任校長。實際上，陳獨秀雖然多次到日本，但並未進大學，也沒有當過安徽高等學校校長。
蔡元培看到梁漱溟一篇文章而決定聘其做北京大學印度哲學講席，梁漱溟辭以對印度哲學實無所知。蔡說：“你說你教不了印度哲學，那麼，你知有誰能教印度哲學呢？”又說，“我們亦沒有尋到真能教印度哲學的人。橫豎彼此都差不多，還是你來吧！你不是愛好哲學嗎？我此番到北大，定要把許多愛好哲學的朋友都聚攏來，共同研究，互相切磋；你怎可不來呢？你不要當是老師來教人，你當是來合作研究，來學習好了。”
蔡元培曾用“萬物並育而不相害，道並行而不相悖”的觀點，來解釋他的“思想自由、兼收幷蓄”的主張。“我素信學術上的派別，是相對的，不是絕對的；所以每一種學科的教員，即使主張不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就讓他們並存，令學生有自由選擇的餘地。”所以在當時的北大，人們常常可以見到錢玄同大講“人過了40就要槍斃”，黃侃則在隔壁大罵他“要取消漢字”的謬論，而錢玄同也不在乎，照講不誤。
蔡元培先生一到北大，就請全國側目的提倡新文化運動的陳獨秀作文科學長。這種安排，震撼了當時的學術界和教育界，得到學生的歡呼擁護。李大釗、李四光、胡適，都是蔡先生請來的。章士釗創立邏輯的學名，北大就請他用《邏輯》開課；胡適和梁漱溟對孔子的看法不同，蔡先生就請他們同時各開一課，唱對臺戲。1917年以後的幾年裡，北大30歲左右的青年教授相當多，其中不少人和蔡先生並不相識，而是從科學論文中發現請來的。
1919年，北大決定取消文、理學長，改設教務長統管文、理、法三科。北大當時以文、理科的教授力量較強，雙方對此職務都志在必得，文科的胡適甚至毛遂自薦，結果遭到理科的強烈反對。最後經過商量，決定由各科先推出一名候選人，然後三選一。理科推選的是俞同奎，文科推選的是陳大齊，法科推選的是馬寅初。結果，蔡元培為了避免文理之爭，投了馬寅初一票，馬寅初因此當選。
蔡先生延請天下俊彥到北大講學。1919年5月起，哲學家杜威在此講學兩年。之後，羅素、班樂衛、杜裡舒、泰戈爾等相繼來校。前蘇聯盲詩人愛羅先坷被日本政府驅逐出境，於1922年春到北京。蔡先生便請他到北大教世界語，月薪200元。
1921年3月16日，蔡先生在德國當面邀請愛因斯坦訪問中國，愛因斯坦表示將做認真安排。次年6月，愛因斯坦去日本講學並決定前往中國，但尚需一封中國方面的正式邀請信。但在日本等了五個星期，不見中國回覆，遂以為北大不想踐約。其實，蔡先生正為一封各團體聯名邀請函徵求意見，只因檔案往返耗時過多，待愛因斯坦收到信件已是年底的12月22日，他已改變行程而不能訪問中國了。對於北京之行的失之交臂，愛因斯坦扼腕痛惜，久久不能自己。直到臨終，老人還一往情深地說：“20世紀是中國的世紀，因為世界必將從重新認識中國開始，而重新認識中國則必先從重新認識中國的哲學開始。”
蔡元培頂住了舊勢力攻擊所謂“覆孔孟”、“鏟倫常”所帶來的巨大壓力，勇敢地保護了陳獨
