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寅初對周恩來說：“吾愛吾友，吾更愛真理。為了國家和真理，應該檢討的不是我馬寅初！”
面對批判的聲浪，馬寅初再次發表宣告：“我對我的理論有相當的把握，不能不堅持，學術的尊嚴不能不維護。我雖年近八十，明知寡不敵眾，自當單槍匹馬，出來應戰，直到戰死為止，決不向專以力壓服、不以理說服的那種批判者所投降！因為我對我的理論有相當的把握，不能不堅持，學術的尊嚴，不能不維護。”
1959年12月到1960年1月，北大批判馬寅初之風塵囂上。面對此局面，馬寅初一再宣告：“我認為這不是一個政治問題，而是一個純粹的學術問題。學術問題貴在爭辯，越辯越明，不宜一遇襲擊，就抱‘明哲保身、退避三舍’的念頭。相反，應知難而進，決不應向困難低頭。我認為在研究工作中事前要有準備，沒有把握，不要亂寫文章。既寫之後，要勇於更正錯誤，但要堅持真理，即於個人私利甚至於自己寶貴的性命，有所不利，亦應擔當一切後果。”他還在一次批判會上對北大學生說：“同學們，我希望你們能夠戰勝我，但是要用科學，而不是大棒。”
當年，北大所有的刊物和全國各地的報紙猛烈批判《新人口論》，馬寅初卻拒不檢討，堅決不寫檢討文章，照常笑眯眯地出入北大燕南園住所，“圓圓一張臉像彌陀”。所以董橋曾撰文，讓今人“學學馬寅初的硬朗”。這種“硬朗”，自在北大學生的回憶中：“馬校長這塊硬骨頭實在難啃，讓他屈服，沒門；逼他自殺，妄想！”
馬寅初被迫辭去北大校長後，他說：“在北大政治上我是不能領導，可是，在學術上我是可以領導的吧！我的人口理論是純粹的學術問題。可是有人硬把它扯成政治問題，我當然不服，現在北大的空氣太沉悶了，學生誰也不敢發表意見，沒有學術空氣。”
【真理】
1979年7月中旬的一個上午，往日靜悄悄地北京東總布衚衕32號宅院頓時熱鬧了起來：中共中央統戰部副部長李貴來到這裡，拜訪了98歲的著名經濟學家馬寅初先生。會見是在馬老的臥室進行的。馬老坐在單人沙發上，在座的還有他的夫人和兒女。李貴副部長說：“今天我受黨的委託通知馬老：1958年以前和1959年底以後這兩次對您的批判是錯誤的。實踐證明，您的節制生育的新人口論是正確的，組織上要為你徹底平反，恢復名譽。希望馬老能精神愉快地度過晚年，還希望馬老健康長壽。”馬老興奮愉快地回答說：“我很高興。”“20多年前中國人口並不多，現在太多了。要儘快發展生產才行啊！”20多年的是非終於澄清，冤案終於平反。實踐宣佈了公允的裁判：真理在他一邊。
1979年，面對中國人口的沉重壓力，人們想到了早在20年前提出“新人口論”的馬寅初，《光明日報》率先為馬寅初恢復名譽。1979年8月5日，《光明日報》發表了《為馬寅初先生的新人口論翻案》一文。正文前面加了大段的《編者按》，對《光明日報》當年錯誤批判馬寅初先生一事作了深刻檢查。馬寅初對此感慨地說：“當年我曾說過《光明日報》不光明，《光明日報》發動那場突然襲擊不光明磊落，今天《光明日報》帶頭呼籲為我和《新人口論》平反，把顛倒過去的理論再扳正過來，我還是很感激你們的。希望你們向廣大讀者轉達我的謝意。”
【農書】
馬寅初辭去北大校長之職後，下決心要寫出一部分量不亞於歷史上的《齊民要術》和《農政全書》的農業大書。他在日記中寫道：“大江東流去，永遠不回頭！往事如煙雲，奮力寫新書。”1962年，馬寅初還借到浙江農村視察的機會，對農業問題進行專門的調查研究，帶回很多第一手材料。
據知情者介紹，馬寅初寫這部《農書》還真有些別樣。他寫文章與
