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椿回到海底世界的家，陷入了無盡的自責與內疚中，整日裡悶悶不樂，心事重重。
椿的爺爺告訴她，人類死後，身體歸於塵土，靈魂會來到海底世界。好人變成一條魚，由靈婆管理，壞人則變成老鼠，由鼠婆管理。
那一日，椿一個人來到山崖邊，默默地吹起了那個人類少年的陶笛，笛聲哀婉間，身後一尊古老的神像忽然開口說話了！
神像告訴她，若想救那個人類少年，需要去如升樓找靈婆做交易，可以換回少年的靈魂，幫助少年復活。神像還給了她一個核桃模樣的信物，教她找到靈婆的方法。
根據神像的指引，椿找到了靈婆，用自己一半的壽命換回了人類少年的靈魂。此時，那個少年的靈魂，還是一條很小很小的魚，沉睡在一個小小的玻璃魚缸裡。
靈婆取走了椿一半的壽命，並將她剩下的靈魂與少年的靈魂相融在一起，喚醒了那條小魚。
靈婆告訴椿，要照顧好這條小魚，把他養大，大到可以獨自飛上天際，便能透過海天之門，回到人間，作回那個海邊的少年。但是，復活後的少年，將不會記得海底世界的一切，也不會記得她。
椿覺得，只要能讓少年復活，只要能彌補自己犯下的錯，她什麼都可以不在乎。於是，她很開心地把小魚捧回了家，取名為鯤。
椿有一個青梅竹馬的好朋友，名字叫湫，比她大一歲。湫不知道鯤的來歷，但他喜歡椿，所以，便不問緣由，只是盡心盡力地幫她。
可是，海底世界不允許養魚，尤其是妄圖復活一個人類，違背天道。他們只能帶著鯤東躲西藏，經歷了重重磨難。
有一次，他們帶鯤到野外，去尋找更大的水塘。
為了救椿，湫不幸中了雙頭蛇的毒，命在旦夕。椿慌了，揹著湫去找自己的爺爺求助，老人家本就大限將至，於是用自己最後的壽命，換回了湫的一條命。
臨終前，爺爺安撫痛哭不已的椿，叫她按照自己的內心行事，他和已故的奶奶，會一直支援她。
椿的爺爺，生前掌管百草，死後化作了一棵海棠樹。奶奶生前掌管百鳥，死後化作一隻鳳凰陪伴爺爺。現在，這隻鳳凰，便棲息在爺爺化作的海棠樹上，繼續相依相伴。
可是，畢竟這是逆天之行。
隨著鯤一天天地長大，慢慢發生了一系列罕見的天災，先是連日暴雨，接著是夏日飛雪。人們發覺了不對勁兒，多方查證下，終是發現了椿養魚的行為，便開始追殺鯤。
在帶鯤逃亡的路上，湫為了保住椿，偷偷拋棄了鯤。卻沒想到，椿得知後，不顧一切地跳入了寒冷刺骨的冰洞中，只為去救鯤。
此時，湫才意識到，椿養魚，並非只是一時興起，鯤對她而言，比性命還重要！
無奈下，他只得同時救出椿和鯤，將他們安排妥當後，偷偷拿走了神像給椿的信物，一個人找到靈婆，打聽鯤的淵源。
靈婆告訴他，椿和鯤早已靈魂相融、性命相連，一旦鯤死了，椿也會跟著死，並且，鯤離開海底世界回到人間的日子，便是椿的死期。
湫很震驚，他無法接受這個事實，他自詡為天不怕地不怕，卻唯獨怕椿受苦。於是，他不惜一切代價，與靈婆做了交易，以換回椿的性命。
很快，鯤便長成了，身體巨大，翅膀遼闊，可以直飛天際，具備了返回人間的條件。
湫的奶奶是負責海天大門的法師。為了幫助椿送鯤回人間，湫偷來了奶奶的面具與法器，強行開啟海天大門。
可是，湫因為法力不濟，加上這本就是逆天而為，最終導致海水倒灌，洪水氾濫，整個海底世界陷入了一片汪洋之中。
農田淹沒，房屋倒塌，族長不得不帶著族人逃往最高的山峰。不少村民被洪水卷
