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自此，火星成為了帝國的一部分，雙頭鷹旗幟已經展開，
偉大的遠征即將開始。
就像古泰拉傳說中的眾神一樣，原體橫掃銀河系的戰場，他們的力量被證明是不可抗拒的。
然而，原體儘管表現出所有的優越感和看似永生，但仍然是人類，而且他們擁有太多自人類誕生以來一直困擾著人類的相同人類缺陷。
帝皇創造出的軍團原體中最受寵愛的戰帥荷魯斯被混沌邪神們誘惑。
並說服一半的兄弟背叛了帝皇。兩位巨人的爭鬥撼動了帝國的根基，迫使昔日的親友針鋒相對，這場反亂被稱為“荷魯斯叛亂”。
懷言者洛嘉是九大軍團叛變的罪魁禍首，洛嘉在攻城略地中還不忘傳播崇拜帝皇為神的信仰，這使得第十七軍團進度緩慢，帝皇命令極限戰士轟炸掉完美之城！並讓洛嘉和第十七軍團在廢墟中下跪懺悔！
極限戰士和懷言者從此結下仇了，混沌派女先知卡爾菲羅誘導洛嘉（帝皇不讓洛嘉信奉自己為神，洛嘉偏要信奉，你不讓我信奉你，那我就信奉其他人），洛嘉和懷言者最終改信混沌四神。
叛亂的第七年
在內戰的最後一戰中，荷魯斯由於忠誠派援軍即將趕來主動邀請與聖血天使的原體聖吉列斯和帝皇決戰。在泰拉圍攻期間的最後對抗達到頂峰時，在荷魯斯自己的旗艦，榮耀級戰列艦 復仇之魂號上，帝皇與戰帥發生了衝突。
帝皇不願對他最心愛的兒子使用他全部的靈能，直到荷魯斯將帝皇致殘並殺死聖吉列斯，帝皇才最終釋放出他難以想象的全部靈能。
荷魯斯在進攻地球皇宮時與帝皇展開了決鬥，最終他落敗身亡，但是帝皇也身負重傷。
他最終打倒了戰帥，甚至連戰帥的靈魂都從亞空間中根除了，這樣毀滅性的力量使四神無法將他們的傀儡恢復。
大部分剩餘的叛徒軍團在荷魯斯戰敗後逃入了恐懼之眼，他們的原體將他們的靈魂出賣給了混沌，成為了惡魔王子在恐懼之眼的腐化領域中統治著一個小小的混沌帝國。
荷魯斯叛亂對帝國造成了無可估量的傷害。帝皇被搬入黃金寶座的靜滯場內，如此方能維持一線生機。他的精神僅夠維持著星炬，無法再親自統治整個帝國。儘管叛軍撤入了名為“恐懼之眼”（Eye of terror）的亞空間裂縫中，但帝國仍然花費了數百年才平息了叛逆的餘波。仍保持著忠誠的軍團被分割成諸多小規模的“戰團\"以防重蹈覆轍。
帝國海軍誕生於荷魯斯之亂後對帝國軍事力量的重新分拆，原本的帝國軍被分拆為帝國海軍和帝國衛隊，後者也就是日後有帝皇的貨幣美譽的星界軍。此舉和拆分阿斯塔特軍團的初衷相近，都是避免將一支龐大的軍事力量置於少數人的控制下。
儘管大部分歷史只強調了大叛亂後軍事改革對帝國星際戰士造成的影響以及分裂，但由於荷魯斯之亂中倒向戰帥一方的人幾乎存在於任何一個大型組織或派系，因此在叛亂結束後，幾乎每個相應組織都遭到了更嚴厲的約束或拆分作為懲罰。
機械神教被改組為機械修會，此舉引發的震動在萬機神的信徒中甚至超過了大叛亂本身，作為補償，機械修會被給予了帝皇昇天後，帝國理論上的最高統治機構，高領主議會的固定席位。
在大叛亂中“表現出色”的賽博尼提卡軍團，機械神教中專司戰鬥機器人與自動化作戰的組織，則被施加了尤其嚴厲的約束，禁止他們越過深紅協定的雷池。
泰坦軍團和騎士家族受到的公開限制較少，這是因為失去了星際戰士的軍團制度，他們很難再進行亞空間機動和戰場投放（大遠征期間這些工作都是星際戰士的運兵船完成的），刺客庭和機械神教同樣向這些家族中派出了眼線。
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