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葉的動機已經明瞭，傅斯年的&ldo;暴怒&rdo;之火卻未完全消解，他對葉的所作所為表示&ldo;盛意可感&rdo;之後，沒有就此打住，而是在覆信中不厭其煩地大談清華、北大與中研院發聘書的不同，謂&ldo;此次清華發聘，系繼續舊辦法;本院發聘，是更改舊辦法&rdo;。言外之意是中研院的辦法要比清華先進和高明得多，你作為中研院的總幹事何以不明二者之高下?又謂&ldo;若當時兄囑毅侯兄去信時，末了寫上一筆盼大駕早來李莊，為荷，弟亦不至著急矣&rdo;。言語中似乎仍是不依不饒。最後，傅斯年表示&ldo;為國家儲存此一讀書種子&rdo;，還是要聘請陳寅恪就任史語所職，並以長者對待孫子的架勢，指令葉企孫再給陳寅恪發一聘書，並在信中親自列出了聘書的文字格式：
專任研究員暫適用兼任研究員之待遇
月薪一百元外暫加薪四十元
註：此為十年相沿之公式(最初&ldo;為適用特約待遇&rdo;)。有換文，兩方輪轉，後來不轉了。如改此式，恐須先在本所所務會議中一談，弟覺此式似可不必改也。
葉企孫接到傅斯年的指令，甚感不快，回想自己在清華的地位與勢力，曾幾度出任代理校長，掌管清華一切事務，就連德高望重的梅貽琦也讓著七分。而今自己身為中央研究院一人之下的總幹事，居然連發個兼職人員聘書這種小事也要由一個小小的所長親自授命，真是莫大的恥辱。想到此處，葉企孫憤怒地當著總辦事處工作人員的面大聲說道：&ldo;傅斯年此人太過於high-handed(霸道)了!&rdo;2遂把傅信棄之一邊不再理會。儘管傅斯年&ldo;氣魄大，要錢、花錢，都有本領&rdo;，在別人看來&ldo;歷來的總幹事，都敬重他而又多怕他&rdo;(董作賓語)，但葉企孫卻不吃這一套，敬傅而不懼傅，心中有自己的主張。見傅斯年來勢兇猛，大有不依不饒之勢，於心灰意冷中理智地採取了敵進我退、惹不起躲得起的戰略戰術，萌生了掛起烏紗帽一走了之的打算。儘管在傅斯年的遙控、施壓下，葉企孫最終還是給陳寅恪寄發了&ldo;兼任&rdo;的聘書，但從此不再過問此事，至於陳寅恪是走是留，是死是活，一切都與他無關了。
1943年1月16日，借梅貽琦赴重慶辦理公務之機，與葉企孫進行了密談，二人商定葉可於夏秋離渝返昆，重操舊業。當天的梅氏日記有&ldo;午飯後與企孫久談&rdo;，&ldo;特種研究所將來併入各系。企孫明秋可返校&rdo;之語(按：&ldo;明秋&rdo;是指陰曆)。8月，葉企孫不顧朱家驊再三挽留，堅決辭去中央研究院總幹事職，返昆任教。辭職的公開理由是，&ldo;覺得長期脫離教書，不合適&rdo;，&ldo;當初離開昆明時，是向聯大請的假，按當時規定不能超過兩年&rdo;云云。但據葉的家人(侄女)說，其叔父在中研院的同事曾向她透露，最主要的一個原因則是&ldo;跟傅斯年合不來&rdo;。葉在中研院的助手、後為清華物理系教授的何成鈞證實了這一說法，並謂：&ldo;葉企孫有東南大學(後並為中央大學)、清華大學與美國學術機構的學術與人脈背景，當時的中央研究院十幾個研究所，人員大多都是這個系統的。葉人緣好，處事公道，很得這些所長與研究人員的歡心。而傅斯年是北大與歐洲系統的人物，這個系統在中研院的人數並不多，傅之所以能在此立腳，還有些作為，就是靠他性格中具有的山東響馬與水泊梁山好漢們那股敢打硬沖的狠勁。但他那一套不是很受人歡迎，葉先生就曾親自跟我講過傅斯年太過於high-handed(霸道)，不能跟他共事等話。據說傅斯年到了臺灣也還是很high-handed，這是他
