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1916年，馬寅初任國立北京大學經濟學系教授兼系主任。當年的北大教授大都是乘人力車到校授課，唯有馬寅初乘坐的是中國銀行的大馬車。
1919年初，北大教授評議會決定取消文、理學長，提出設立教務長，統管文、理、法三科。教務長的權力處在校長之下、教授之上，因此成為各科教授爭奪的焦點，尤其是教授力量最強的文、理二科的教員更是志在必得。最後經過商量，決定各科推出一名候選人。當時，文科推出陳大齊，理科推出俞同奎，法科推出馬寅初。最後在評議會正式選舉時，為避免無謂的爭端，校長蔡元培投了馬寅初一票，因此，當時回想奔喪的馬寅初成為了北大歷史上第一任教務長。
1922年7月3日，胡適在日記中回憶說：“當時原議教務長只限於文理二科合成的本科，而不管法科。尹默又怕我當選，故又用詭計，使蔡先生於選舉之日打電話把政治、經濟兩系的主任加入；一面尹默親來我家，說百年（陳大齊）等的意思不希望我第一次當選為教務長。他們明說要舉馬寅初（經濟系主任）。我本來不願當選，但這種手段是我不能忍耐的；……但後來尹默與寅初又成冤家，至今不已。”
解放初期，北京大學中文系為郭良夫老師舉行婚禮。身為校長的馬寅初便抽空去祝賀。郭良夫當時只是一名普通教師，見校長親自前來祝賀，心情非常激動，便同新娘一起向校長敬酒。馬寅初應邀即席發言：“我想你這個新娘應該放心了，因為根據新郎大名，他一定是位好丈夫。”馬老的幽默引起滿場的歡笑。
在北大學生當中，馬寅初歷來是傳奇人物，一是他的謙恭敬業，二是他的尊師愛生，三是他的不拘行跡不拘言辭（例如他常說的口頭語“兄弟我”），四是他對共產黨的恭敬尊重，不犯規矩，例如他對一些政治原則問題從不胡亂表態，都是說，“這個事情應當請示江（隆基）先生，我們是有分工的，他做得比我好”。
馬寅初出任北大校長期間，翦伯贊曾任歷史系主任，負責過北京大學校刊。一次馬寅初寫了一篇文章，是關於健美養生的，交給了校刊部。翦伯贊見了，皺著眉頭說：“這文章怎麼能在校刊上發呢？”堅決不讓發。馬寅初有意見，一次，在會上說：“我的文章挺好的，為什麼不讓發？”說歸說，翦伯贊並不理“上級”的話，仍不讓發，馬寅初也沒有辦法。可見當時北大的氛圍還是很民主。
1956年秋天，章廷謙在北大講授中國文學史課。章是浙江紹興人，魯迅的學生，嗜酒，且只飲黃酒，自己坦言早上起來必先喝夠了酒才能上課，尤其是冬天，因此他的課必定是上午的第三第四節。一天章講柳永的詞作《雨霖鈴》，且吟且解說，當說到酒字時，章先生滔滔不絕地講起了歷代有關酒後意境的詩詞佳作，古人的酒儀酒具，諸如“舉案齊眉”等等，說得滿臉漲紅，舞之蹈之，神采飛揚。先生精神振奮，學生氣氛活躍。正是高潮處，教室門輕輕地開了。那天宋運郊到得晚，只能在靠門口的座位就坐，文史樓的階梯教室門開在教室東面正中。他抬頭一看，是馬寅初，正要招呼，馬寅初半彎身子示意不要聲張，要繼續聽課。臺下馬老在靜心聽課，臺上章先生照講不停。馬老聽了三五分鐘，俯身彎腰問宋：這位是誰？宋告訴他是章廷謙先生。又問：紹興人？宋點頭肯定。最後馬寅初問他：你們認為講得如何。宋說闡述得很精彩。他笑一笑說：“章先生真是海量啊！”然後輕輕轉身出了教室。
馬寅初講課很少翻講義，講得激動時，往往走下講臺，揮動手臂，言詞密集，如同陣雨。一些坐前排的學生說：“聽馬先生上課，必須撐雨傘。”
馬寅初在向北大師生宣講他的“新人口論”理論，談中國人口增長過速的原因時，總結出了好幾條，其中三條是：一是和尚尼姑大量還俗，增加了生產力
