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和舊籍的史地知識，來證明東北原來是我們中國的郡縣；我們的文化種族和這一塊地方有著不可分離的關係。”此書曾經李濟節譯成英文送交國際聯李頓調查團，後來李頓調查團的報告書中表示東北是中國的領土，顯然接受了該書的觀點。
1930年，西北科學考察團瑞典考古學家貝格曼（F。 Bergman）在額濟納河流域的黑城發現簡牘1萬餘枚，即是“居延漢簡”，次年運抵北平，藏於北平圖書館，由馬衡等人整理釋讀。為了妥善儲存這批歷史文物，1933年經過胡適與傅斯年的協調，移到北大文科研究所，加速整理。北平淪陷後，傅斯年又將這批材料運往美國妥為保管，使之免於淪落日偽之手。
1932年，傅斯年與胡適、丁文江等在北平創辦《獨立評論》週刊，在該刊他發表《日寇與熱河平津》、《“九一八”事變一年了》、《國聯調查團報告書一瞥》等多篇時評，揭露日寇侵華野心，警醒國人不忘國恥。
1935年，傅斯年與俞大綵的愛子出生，當時日本侵略正在不斷加深，傅斯年給剛出世的兒子取名為“傅仁軌”。傅解釋，本應按“樂”字排行，之所以破例命名，是為紀念唐代朝鮮對日本打殲滅戰的大將劉仁軌。
抗戰前夕，傅斯年針對當局的退讓政策，大聲疾呼地號召學人“不南遷，不屈服，堅持到最後一分鐘”。抗戰初期他為故鄉愛國民主人士聊城專員範築先的殉國而寫下“一死泰山重”的贊詩，以鼓舞民族鬥志，並不斷撰寫《天朝——洋奴、萬邦協和》、《我替倭奴佔了一卦》、《第二戰場的前瞻》等評論時局性的論文。
抗日戰爭爆發後，中央研究院南遷，決策既定，傅斯年立即指示中央研究院各所捆紮物資儀器，打點行裝，準備起程。同時滿懷豪情地寫下了“莫謂書生空議論，頭顱擲處血斑斑”的悲壯詩句，以此鞭策自己，激勵同事。
抗日戰爭全面爆發22個月後，傅斯年再在《地利與勝利》一文中估計戰爭走勢。他認定日本的總策略是用相應的代價換取最重要的交通樞紐，在一處呈膠著狀態時，另從側面進攻，或向另一很遠的區域進攻，使中國感覺調動困難。傅斯年認為，日本人的這一戰略同時決定了最終失敗。“抗戰的大業，決不能在最近期間結束，至少還有三年。三年以後，我們必偕英法美以全勝，倭國必隨中歐的桀紂以滅亡。在我勝利而他滅亡之前，苦是要吃，人力是要盡的。”
傅斯年出任參政員時，積極闡述抗日救國的政見，還提筆為文，被稱作有軍事知識的文人。他在慄峰山莊的農舍裡寫成的《地利與勝利》《抗戰兩年之回顧》等篇文章，就頗具政治軍事分析的深度與前瞻性。有人說傅斯年“對政治的興趣，偏重於內政方面，尤其在澄清內政的空氣”。
1945年8月15日，抗戰勝利時，傅斯年在重慶。他寫信給妻子俞大綵說：他一聽到日本投降的訊息，欣喜欲狂，衝出寓所，飛奔上街，手舞足蹈，見人便摟抱，狂呼大叫，直到聲嘶力竭。等回到寓所，帽子沒有了，鞋也丟掉一雙。
1945年秋天，傅斯年的夫人俞大綵帶著兒子傅仁軌離開李莊去重慶。那時，傅仁軌剛滿10歲，傅斯年為兒子書寫贊和文天祥的《正氣歌》及幾首愛國詩篇，寫跋囑其“日習數行，期以成誦”，告以“做人之道，發軌於是，立基於是，若不能看破生死，則必為生死所困，所以異乎禽獸者幾希矣。”
平津淪陷時期，敵偽在北京大學舊址繼續辦學，國人以“偽北大”視之。抗戰勝利後，“偽北大”留有數千名師生無從處置。傅斯年認為文入尤其是教師，為人師表，更應保持個人名節，作為全國最高學府的北京大學尤其應做表率。因此，他於10月和12月兩次在重慶宣告，堅決不任用偽北大人員，認為：“專科以上學校，必須在禮義
