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起義失敗後，代之而起的是主張推翻滿清，激烈變革，推翻原有制度和政府的革命者，最後清朝亦畫上句號。
評價
戊戌變法作為近代清政府的一次資產階級性質的改良運動，具有進步意義。雖然被慈禧太后扼殺了，但也為13年之後爆發的辛亥革命打下了思想基礎。
一、推動了清政府的自我改革。1900年八國聯軍入侵，慈禧太后帶著光緒逃到西安，這給慈禧以慘痛教訓。簽訂《辛丑和約》後，慈禧太后下令實行新政，其內容有編練新軍；廢科舉，建學堂；獎勵民辦工廠；改革法制；派五大臣出洋考察，預備立憲；成立諮政院、諮議局等。其中有些改策已經超出了當年維新變法的內容。
二、激起了民眾對滿清政府的憤恨，推動知識分子由維新向革命轉化。戊戌政變失敗後，支援孫中山革命的人增多了，不少對清政府抱有幻想的知識分子轉變為革命黨人。（此條更準確的說應為戊戌政變的影響，而不是戊戌變法本身的影響。）
三、推動了清政府的思想解放運動。
（1）變法理論更加深入人心。人們普遍認為，不變沒有出路，變是古今通理，清政府還應該大變、全變。
（2）民主思想進一步傳播。維新派只敢講“民權”，承認人民有參與管理政治的權利，但是不敢講“民主”，不肯承認人民是國家和社會的主人。戊戌維新之後，民主思潮就充分發展起來了。
（3）激起了新一輪向西方尋求救國真理的熱潮。戊戌維新失敗後，更多的年輕人出國留學，更多的西方學說被譯介到清政府，清政府的思想界更為活躍。
四、成為五四新文化運動的前奏。戊戌維新後，新式文化事業勃興，國內出現辦學熱，創辦新式報刊熱，出版新書熱。戊戌時期，維新派為了對人民進行“啟蒙”，曾提倡白話文和“小說界革命”。維新運動失敗後，白話報刊更多出現，白話文得到更多提倡。除“小說界革命”外，維新派繼續倡導“詩界革命”、“曲界革命”、“思想革命”、“道德革命”、“宗教革命”以至“史學革命”。
戊戌變法與明治維新比較
戊戌變法和明治維新雖然都是具有反封建性質的運動，但是，它們各自所擁有的力量，和作為其對立面的力量，卻有很大的不同。戊戌變法的思想旗手是康有為，他是這場變法的精神教主。而政治上的權威或旗幟，則是光緒皇帝。康有為、梁啟超等人，應該說，在思想理論的準備和宣傳上，都作出了艱苦卓絕的努力，為這個運動做出了重大的貢獻。
然而，無論是公車上書也罷，建立學社也罷，以及後來的行走軍機也罷，都主要是在發表言論、提供方案的範圍內行動。這一切，在清政府思想史和政治史上，誠然發出過耀眼的光芒，在其時沉悶喑啞的思想、政治界中所發生的震撼，也類乎核的裂變。而光緒皇帝，在名義上也是“九五之尊”，可以統帥一切、指揮一切。但是，維新志士們全是手無寸鐵的書生。
譚嗣同說：“我自橫刀向天笑，去留肝膽兩崑崙”。而可悲的正在於，他們手中沒有刀，沒有任何的武裝力量。至於光緒皇帝，又是一個瑟縮在西太后淫威陰影之下的兒皇帝，在沒有武裝力量擁簇的條件下，他表面上的“無限權力”事實上卻是極其有限的。
光緒一生處於無權的地位，早在他入宮時已經確定了。光緒生於深宮，但他透過審閱奏章，認識到封建官僚集團的腐敗無能、營私舞弊；軍隊無戰鬥力，對外戰爭一敗塗地；洋務企業耗費國家大量錢財而虧損有加。
光緒面對處於列強虎視眈眈威脅下的這樣一個爛攤子，認識到不改革、不維新只有亡國。他又具有一定的西方文化知識，這使他接受維新派的政治主張成為可能。他比較早地接觸到維新思想代表
