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不知何種原因，數碼世界開始出現大量資料斷層，數碼世界崩塌，史上最強病毒風暴來襲，13位傳說中的騎士拼命挽救，但仍有無數不幸的數碼獸被捲入其中，化為數碼蛋墜入人類世界，因此步入新世紀的人類成立了數碼馴獸師協會，並建立馴獸師學院，將所有撿到數碼蛋並孵出數碼獸的人類錄取培養成為強大的馴獸師以備不時之需。數碼獸可以和搭檔一起在協會分會登記身份生活在人類世界。
至於數碼世界為什麼會出現斷層?為什麼數碼蛋會墜至人類世界?人類從未停止探索，可一切仍然是謎。但人類中也湧現出卓越的馴獸師——七大執政官，他們是第一代學員中的佼佼者，曾經病毒風暴入侵人類世界，就是他們和自己的夥伴一起抵擋住，拯救了人類世界。一切都有條不紊地發展著，直到2099年——一個特殊的事情在皇家騎士和世界樹間發生……
會議室門開了，一個黑色的身影走了進來“你終於來了……”
沒等世界樹話說完，那個身影搶先開口：“世界樹，你想幹什麼?”
“不許無理，誰允許你這麼和世界樹大人說話的?”杜納斯獸看他這麼無禮，怒吼道。
“我無理?!別鬧了杜納斯獸，你今天出門難道沒帶腦子嗎？事情鬧了這麼長時間了，現在我們的世界和人類世界融合越來越嚴重，我們拼命修補世界樹竟然毫無動靜!更嚴重的是這麼強的病毒風暴怎麼可能只是世界遷徙造成的，世界樹，你難道不準備給我們一個解釋嗎？”黑色身影輕蔑地瞥了一眼他
“你……”杜納斯獸顯然被剛才的話嗆住。
“都閉嘴！你們兩個，現在還沒搞清楚什麼情況，不能妄下定論！出了這麼大的事我們都很著急,但越是這樣我們越要冷靜。”奧米加獸打斷兩人的爭執。
“好吧，現在我只想問世界樹大人，您的那個計劃是什麼?還有，您打算怎麼解決這個問題？”黑色身影聳聳肩。
“我不是已經說過了嗎，時代變遷，我們必須改造我們的世界，否則數碼世界就會發生不好的事情。至於病毒風暴只是擴充中出現的變異罷了，再過一段時間自然會消失，你們只需做好防衛和救援工作就好了。”世界樹說完。一時間，會議室陷入了死一般的沉寂。
良久，黑色身影開口，語氣充滿嘲諷：“哦，您是想吞噬人類世界來擴充數碼世界嗎……”
“阿爾法獸，注意你的言辭！”奧米加獸對於他的態度大為不滿。
被稱為阿爾法獸的黑色身影並未理會奧米加獸，自顧自地說：“讓人類成為數碼獸的奴隸以達到您心中的所謂‘完美世界’嗎……”沒人注意到他緊握的拳頭。“然後呢，讓人類走向滅絕的道路統治兩個世界、次元甚至平行時空，隨便生殺，而我們，只是你實現野心的工具，可以隨便丟棄是嗎?！”阿爾法獸起身向前走去。
紅蓮騎士獸攔在他身前：“別想太多了，阿爾法獸，事情沒那麼複雜。”
“沒那麼複雜？在我們被選中為皇家騎士時就宣誓過永遠效忠於世界樹，永遠守護數碼世界，我們第一點做到了，但第二點呢，我們確實在守護秩序，但世界樹的行為名義上是為了數碼世界，為了數碼獸，但越來越多的數碼獸無辜受難，而且……”他頓了頓：“為什麼數碼蛋要降落到人類世界？說實話，我沒見過擴大規模要入侵其他世界，我們完全可以利用其它平行世界來更好的實現目的。”紅蓮騎士獸啞口無言，看向世界樹。
“我想不通，為什麼你要關心一個與我們無關的世界呢?阿爾法獸。”世界樹語氣冰冷。
“哼，”阿爾法獸冷笑一聲：“您這相當於承認了吧，世界樹。”他飛了起來，眼裡冒出危險的紅光：“我是和人類世界沒有任何關係，但世界樹的所做所為已經嚴重的打破了
