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軍紛紛掉轉頭來，朝著魏瑪方向猛逃。在法軍旗兵的追擊之下，呂歇爾身負重傷，差點喪命。
下午4時，法軍成縱隊追擊普軍的殘兵敗將。他們如秋風掃落葉一般橫掃著一切，不抓俘虜，不聽求饒，見普軍就殺，潰逃的普軍大都成為法軍的刀下之鬼。夜幕降臨時，追至魏瑪的法軍在一片勝利的歡呼聲中得意地返回了耶拿城。到此時之止，拿破崙仍然認為他所擊敗的是普軍主力。
拿破崙回到耶拿城時，第三軍一個明託布里安的上尉已在那等候多時。這位上尉向拿破崙報告說：第三軍在奧爾斯塔特擊敗了由布倫瑞克指揮的普軍主力50000人，普魯士國王和他的大本營也包括在內。拿破崙簡直不相信自己的耳朵，他大聲地對託布里安說：“你們元帥把一個人當成了兩個人吧！〃可事實的確如此，託布里安的報告千真萬確。
13日夜間，普王和布倫瑞克率領普軍主力從愛爾富特和魏瑪向北撤退，途經耶拿西北20多公里的奧爾斯塔特，普王決定在此地宿營，這時，已佔領了瑙姆堡的達武軍接到拿破崙的命令，叫他選擇最短路線，儘快抵達耶拿以北的阿波爾達，威脅敵軍左翼。達武軍立即行動。14日6時，達武先頭部隊抵達奧爾斯塔特東北的漢森豪森村，濃霧之中，正好遇上普軍主力的前衛施美陶的步兵師和布呂歇爾的騎兵師。達武先頭部隊立即構成方陣，集中火力射擊，打退了普軍旗兵的4次衝擊。施美陶的步兵師因受火力阻攔，難以繼續前進，便與法軍形成對峙。10時許，達武軍後續兩師先後趕到，但普軍的後續部隊也於此時趕到。普軍50000多人從左右兩翼猛烈攻擊達武的20000多人，達武處境十分危險。
這時，就在奧爾斯塔特附近的貝爾納多特軍明知達武處境危險，卻見死不救。貝爾納多特素與達武關係不和，他覺得去協助達武作戰有失尊嚴。幸好普軍仍拘泥於橫隊密集型的〃線式戰術〃，呆板的方陣很快就受到法軍靈活機動的火力殺傷。普軍總司令布倫瑞克見法軍頑強抵抗，親率一團榴彈兵衝鋒，不想被彈丸擊中雙眼，造成致命重傷，被抬出戰場。普軍群龍無首，各師各自為戰，很快就處於不利地位，普王只得下令向魏瑪方向撤退，準備與霍恩洛厄和呂歇爾兩軍會合，明日再戰。
普王撤退途中，正好與耶拿戰場上的殘兵敗將迎頭相撞，他不禁仰天長嘆道：一切都完了。兩股敗軍合在一起，形成一股混亂的人流，沒命地向魏瑪方向逃跑。法軍旗兵在後面緊緊追趕，戰刀在敗兵耳邊呼呼作響，人人驚恐萬狀。路易莎王后，這位不久前還在疆場上鼓舞士氣的巾幗英雄，這時也騎著馬落荒而逃。兩名法國旗兵舉著馬刀緊跟其後，王后嚇得魂不附體。好不容易來到魏瑪城門前，一支強大的法國龍騎兵又向她疾馳而來。王后見勢不妙，不顧一切地衝進城去。城門關上了，王后終於撿了一條性命。
原想狠狠教訓一下科西嘉窮小子的普魯士國王，在戰鬥打響後一週就遭到了徹底失敗。
特別是10月14日這一天，法軍一下子取得了耶拿和奧爾斯塔特兩大戰役的勝利，普軍幾乎全軍覆沒。拿破崙對部下的英勇作戰非常滿意，對達武以20000人的劣勢兵力打敗5 0000人的普軍主力更是稱讚不已。但有一人使拿破崙很不高興，那就是貝爾納多特。他對貝爾納多特不去援救達武非常惱怒。他在瑙姆堡當著一批軍官的面說：“我要是把他提交軍事法庭，他準會被槍決。我不對他說這些，但是他不至於不明白我對他的行為是怎麼想的。他有很強的榮譽感，自己不會不知道他的行為是可恥的。〃因貝爾納多特的妻子是拿破崙過去的戀人，是約瑟夫妻子的姨妹，憑著裙帶關係，貝爾納多特沒受重罰。
普軍在繼續潰退，拿破崙估計普軍的自然退卻方向為馬格德堡，於是，10月15日，法軍兵分三路，開始
