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在地方管理體繫上，可能很多人對明朝巡撫印象較深，認為是各省省長，但事實上僅是臨時差遣，並非常設職務。明朝更沒有省這個說法，只是前面的元朝和後面的清朝都有，很多人便想當然的認為明朝也有。明朝仿宋朝在各地設四司的制度，在各地設三司：
1都指揮使司：即前文所說的地方軍區。
2承宣布政使司：相當於宋朝的都轉運使司，主管一方的財政經濟。因為經濟工作比較重要，所以設左右兩位布政使共同主持工作。
3提刑按察使司：相當於宋朝的提點刑獄司，主管地方司法。
這三司互不隸屬，各自負責當地的相關工作，有時遇到重要情況，比如治理河道或打仗，朝廷會派出一名要員（一般本官是副都御史或侍郎）巡撫該地區，協調三司工作。但也只是協調而並無直接管轄權，因為這三司都直接隸屬於中央的三個部門，為此中央部門的機構設定也發生了重要變化。
尚書六部，每部四司，唐宋有時會微調二十四司的具體設定，但這個框架從未改變。明朝為加強中央和地方的直轄關係，非常有創意地打破了這種框架，不妨以戶部為例來說明這種公共管理創新。
明朝戶部內設十三司，分別為：浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南清吏司。這就是一些省份的名稱，明朝雖沒有省的說法，但這種區劃顯然是後來各省的框架。
這十三司顯然各自對口一個地區，比如浙江布政司就直接對口戶部浙江司，而巡撫可管不了戶部的內設司所。
同理，刑部也設了這樣的十三司，對口各按察司。都察院也設十三道監察御史，分派各地監察地方官員。但兵部的情況比較複雜，並未分十三司直接對口各都司。
有些人據此說明朝的疆域很小，只有區區十三省而已，什麼東三省、新疆、西藏都不在轄內。這真是相當無知也很無理的一種說法。戶部只管十三省，中央各部門都不用錢了？您看戶部十三司也沒有北京、南京啊，難道也不在疆域內？更可怕的是這十三司沒有五軍都督府啊！是明軍全體叛逃了還是都不領工資了？鄭公公那麼大的艦隊經費從何而來？最愉快的是刑部也只管這十三省，所以中央百官可以隨便犯罪玩兒‐‐反正沒人管。搞半天&ldo;刑不上士大夫&rdo;是這樣實現的！
但這顯然是很荒謬的。
事實上，十三司（道）也只是一種機構設定方式而已，內設十三個司已經夠多，不能再增加了。所以十三司託名某處，並非真的只管這一地之事，還要兼管很多業務。比如中央機關的經費就由戶部陝西司管，兩京及其附近地區的稅費由福建司管，各營衛分到各司管等。十三司（道）沒有出現的地名其實仍有明確的司（道）在管，並非不在轄內。
這樣設定，明朝中央部門對地方的直轄能力更強，藩鎮獨立的可能性比前代更小。當然，這種進步體現在公共管理機構的設定上，只是一種表象，根本仍在於社會進步，儘管明朝倒退性地恢復了世襲爵位乃至世襲職務，但社會已盡力將這種影響降至最低，儘管不得不承認比宋朝略有退步，但總體而言一個平行化公民社會還算成功。明朝的中央集權體系也趨於成熟，地方獨立的趨勢基本被消滅，務實的地方政府設定方式奠定了大一統中華帝國的框架，使中華民族歷代擴充套件出的生存空間融為一個有機整體，而不是漢區、羈縻區、軍事佔領區、藩屬國的簡單拼湊，統一的中國概念徹底深入人心，奠定了現代中國的版圖。
當然，一個偉大的王朝，最重要的遺產不是金銀，也不是疆域，甚至不是優秀的組織結構，乃是萬世相承的文明血脈。漢唐宋都為後人留下了偉大的文明遺產，明朝的問題就稍有點複雜。
