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是一種按照實用與形態等相似的植物，將其歸之於各類，並按層次逐級分類的科方法。李時珍將一千多種植物，據其經濟用途與體態、習性和內含物的不同，先把大同類物質向上歸為五部（即草、目、菜、果、谷為綱），部下又分成30類（如草部9類、木部6類、菜、果部各7類、谷5類是為目），再向下分成若干種。他不僅提示了植物之間的親緣關係，而且還統一了許多植物的命名方法。英國著名生物學家達爾文也曾受益於《本草綱目》，稱它為“中國古代百科全書”。李約瑟在《中國科學技術史》中寫道：“16世紀中國有兩大天然藥物學著作，一是世紀初（1505年）的《本草品彙精要》，一是世紀末（1595年）的《本草綱目》，兩者都非常偉大。”
宋應星（1587…1661）明末清初科學家。（1654～1638）年間寫成了《天工開物》《天工開物》全書詳細敘述了各種農作物和工業原料的種類、產地、生產技術和工藝裝備，以及一些生產組織經驗，既有大量確切的資料，又繪製了一百二十三幅插圖。全書分上、中、下三卷，又細分做十八卷。上卷記載了穀物豆麻的栽培和加工方法，蠶絲棉苧的紡織和染色技術，以及製鹽、製糖工藝。中卷內容包括磚瓦、陶瓷的製作，車船的建造，金屬的鑄鍛，煤炭、石灰、硫黃、白礬的開採和燒製，以及榨油、造紙方法等。下卷記述金屬礦物的開採和冶煉，兵器的製造，顏料、酒麴的生產，以及珠玉的採集加工等。他的著作都具有珍貴的歷史價值和科學價值。如在“五金”卷中，宋應星是世界上第一個科學地論述鋅和銅鋅合金（黃銅）的科學家。他明確指出，鋅是一種新金屬，並且首次記載了它的冶煉方法。這是我國古代金屬冶煉史上的重要成就之一。使中國在很長一段時間裡成為世界上唯一能大規模煉鋅的國家。宋應星記載的用金屬鋅代替鋅化合物（爐甘石）煉製黃銅的方法，是人類歷史上用銅和鋅兩種金屬直接熔融而得黃銅的最早記錄。 在生物學方面，他在《天工開物》中記錄了農民培育水稻、大麥新品種的事例，研究了土壤、氣候、栽培方法對作物品種變化的影響，又注意到不同品種蠶蛾雜交引起變異的情況，說明透過人為的努力，可以改變動植物的品種特性，得出了“土脈歷時代而異，種性隨水土而分”的科學見解，把我國古代科學家關於生態變異的認識推進了一步，為人工培育新品種提出了理論根據。在物理學方面，新發現的佚著《論氣&；#8226；氣聲》篇是論述聲學的傑出篇章。宋應星透過對各種音響的具體分析，研究了聲音的發生和傳播規律，並提出了聲是氣波的概念。
這個時候，歐洲的科學隨著傳教士在中國傳播基督教開始傳入中國並且有了相關記載，利瑪竇是義大利人，原名叫瑪太奧&；#8226；利奇（Matteo Ricci； 1552…1610）。他從小勤奮好學，對數學、物理學、天文學、醫學都很有造詣，而且擅長製作鐘錶、日晷，善於繪製地圖和雕刻。三十歲從神學院畢業，利瑪竇被耶穌會派到中國來傳教。他為了便於同中國人交往，刻苦學習中國的語言、文字和古代文化，換上中國的服裝，按照中國的禮節和風俗習慣進行活動，還為自己取了利瑪竇這樣一箇中國名字。
徐光啟（1562－1633），字子先，號玄扈，諡文定。明松江人，大約是在萬曆二十一年（1593），徐光啟受聘去韶州任教，二年後又轉移至潯州。徐光啟在韶州見到了傳教士郭居靜。這是徐光啟與傳教士的第一次接觸。在郭居靜那兒，他第一次見到一幅世界地圖，知道在中國之外竟有那麼大的一個世界；又第一次聽說地球是圓的，有個叫麥哲倫的西洋人乘船繞地球環行了一週；還第一次聽說義大利科學家伽利略製造了天文望遠鏡，能清楚地觀測天上星體的執行。所有這些，對他
