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麥克維被控有兩項罪名：未能有效規避敵人；沒有及時下達棄艦命令。第一項罪責無法豁免，而第二項指控則被免予起訴。
審判後，尼米茲舉行了記者招待會，介紹了&ldo;印第安納波利斯&rdo;號的最後處理情況。他在會上明確表示了自己的觀點：&ldo;我們不願也無意否認我們的任何錯誤，但是我們主張寬大為懷，海軍部長已同意從全面考慮免除對麥克維的處分，將其釋放出獄，恢復職務。&rdo;
一位記者就麥克維上校在海軍中的前途提問：&ldo;美國海軍史上是否有曾經受過軍事審判的軍官，以後又提升為將軍的？&rdo;
尼米茲指著自己說：&ldo;我就是一位。&rdo;接著他講述了38年前把&ldo;德凱特&rdo;號驅逐艦開到岸上，曾接受軍法審判，後來受到&ldo;警告&rdo;處分的經過。
面對海軍自身存在的困境，尼米茲等人積極改建和設計新型艦艇，使之滿足核時代的需要。他們把洛克希德公司製造的pzv反潛巡邏機加以改裝，配置給航空母艦，使海軍具有空中核打擊力量。以謝爾曼為首的攻關小組受尼米茲之託，開始研製核動力潛艇。但由於核燃料短缺，技術人員缺乏等問題，這一計劃一時遭到了反對和懷疑。尼米茲深知自己任職時間有限，於是，抓緊時間，力排眾議，直接批准了設計方案，使這項工程置於壓倒一切的優先地位。
在他任職的後期，他開始為全國性雜誌撰寫有關戰爭和海軍命運的文章，為海軍的發展搖旗吶喊。他在《海上力量》月刊發表《海軍無用了嗎？》一文，批駁了海軍無用論的觀點；他在《國家地理雜誌》發表《海軍是和平的保證》一文，呼籲人們注意和平時期發展強大海軍力量的作用。此外，他還在《國家商業》上發表《海軍：為和平進行投資》；在華盛頓的《新聞文摘》上發表《海軍仍不可少》，立場鮮明地捍衛海軍的榮譽和地位。
但海軍得到的經費卻並沒有顯著增加。人們認為他的講話非常感人，但從長遠的觀點看，他的工作卻是徒勞的。漂亮而且可以服役的艦隻被拆毀，配備齊全的強大的艦隊被整個送入港內封存，他提出的保衛國家海防的各項計劃漸漸地被人淡忘。
尼米茲終於感到疲倦了，他的任期也行將屆滿。他感到傷感而激動，畢竟，他為海軍付出了自己的所有才智，而現在卻不得不心灰意冷地離去了。
離任前的一個月，這位頑強堅韌的上將在&ldo;航空政策委員會&rdo;上發出最後一次呼籲，宣告海軍應加強裝備，並警告說，海軍保衛國家的力量處於&ldo;危險的低劣狀態&rdo;。
1947年11月13日，杜魯門總統宣佈任命路易斯&iddot;登菲爾德為新任海軍作戰部長。
尼米茲失望地離開了自己的崗位，但卻有一種解脫之感。他已經圓滿完成了所能完成的一切任務，他曾經指揮艦艇、培訓軍官、制定戰略，曾經在大、小艦隻上服役，在世界各大海洋上航行，參加過兩次世界大戰，同世界各國的普通水兵和高階將領打交道。他創造了巨大的成就，此刻，該是他休息的時候了。
他第一次以一個普通老人的身份回到思念他的家人中間。這個家庭中的第三代已經可以與他一起散步了。
62歲的尼米茲與家人一起驅車西行，重回加利福尼亞州定居。凱薩琳寫道：&ldo;這是一個值得紀唸的日子。對我們來說，這是一個重大的轉折。今晚雖然下雨而寒冷，但我們是愉快的。這是切斯特多年來第一次卸去身上的重擔。南希、切斯特、我以及上了年紀的長耳狗弗雷科斯正在向南行，然後西去加利福尼亞，我們的心是年輕而愉快的。&rdo;
尼米茲的家，一直像海船一樣隨尼米
