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經過了數日的統計徵募之後，新招募了一萬五千新兵，和原有的五千老兵混合，重新編制出一支兩萬人的步兵。
軍隊編制還是按照原來的小旗、總旗、隊、營編制。全軍分為四鎮，在晉玉飛任興凡一鎮二鎮的基礎上新增了兩鎮，鎮將分別有新加入的劉肇基馬應魁擔任。這二人當總兵副將多年，論領兵經驗來說遠勝其他人。二人原來的部下全部被打亂整編。
第一鎮為近衛鎮，鎮將晉玉飛，四個營正分別為熊二、李行久、湯尼、德意志人鄧肯。
第二鎮鎮將任興凡，手下四個營官分別是陳名揚、楊斌、李鼎、李禿子擔任。楊斌是岱山軍的槍術教頭，被提拔起來名正言順。李鼎是青州李士元的兒子，作戰非常勇敢。李禿子是原來佔據膠州的柯永勝部下，因手刃柯永勝立下功績當了總旗，一路提拔起來也成了營正。
第三鎮鎮將劉肇基，手下四個營官分別是沙千里、任秋裡、羅少新和鄧萬木。羅鄧二人都是劉肇基原來的部屬。
第四鎮鎮將馬應魁，手下四個營官分別是任保全、何彬、張弛、林光頭。任保全是任思齊堂兄，何彬是呂宋回來的漢人，張弛和林光頭則都是原來福春號上的老弟兄。
在軍隊中同樣設立監軍，隊設隊監，營設營監，鎮設鎮監。監軍不干預部隊的指揮訓練作戰，只是負責平時生活後勤獎懲事宜，和軍隊主官平級。是任思齊借鑑了後世的政委制，如此能保證軍隊完全忠於自己。
第一鎮的監軍由任麗坤擔任，第二鎮監軍任學堂，第三鎮監軍陳生，第四鎮監軍馬良。從這個任命來看有著濃重的任家軍色彩，除了馬良是招募自膠州的讀書人以外，陳生是來自呂宋的老兄弟，其他兩個都是任思齊的族親。至於營隊的監軍，則多數由徵募自膠東的讀書人擔任。當初剛入岱山時，為了得到較高的薪酬，很多讀書人選擇了加入軍隊並且透過了訓練。岱山軍之所以戰鬥力形成的這麼快，這些人功不可沒。
重建四鎮步軍的同時，任思齊也對水軍進行了整編。
同樣建立了四鎮水軍，人數共三萬人，除了原有的一萬水軍以外，把自鎮江新募的船伕都整合了進來。
為了和步軍以示區別，水軍鎮將成為統領。
第一鎮水軍統領茅十八，掌控著“公主號”“飛魚號”三十多艘三桅海船以及二百多艘平底沙船，手下水兵一萬多人，駐地崇明，負責崇明島的守衛及與清軍水師的作戰。
第二鎮水軍統領司馬南，屬下三桅海船三十多艘，手下士兵兩千餘人，專門負責對外貿易。
第三鎮水軍統領奧利爾，駐地岱山，屬下三桅海船三十餘艘，二桅海船單桅海船一百多艘，屬下士兵五千，負責著岱山金塘島岑港等地的防禦。
第四鎮水軍統領薛雨來，駐地崇明，屬下江船千餘艘，士兵一萬三千餘人，他屬下的戰船都是用於內河作戰的江船，負責一是往來運送人員貨物，再就是協助茅十八進行作戰。人數船隻雖多，戰鬥力卻是最差的一鎮。
這樣算下來，整編了足有五萬軍隊，可惜若論戰鬥力的話，還是隻有其中的一萬餘老兵具備一定的戰鬥力。（未完待續。）
第四百一十三章 杭州陷落
不論是移民安置還是軍隊整編，都是非常的繁瑣麻煩。好在民政由沈廷揚等一幫文官負責，軍政則有李彥直等一干幕府眾人協助，任思齊只需要總體掌控即可。而崇明的一應制度都是從岱山制度複製照搬過來，根本沒有多少創新之處，所以很快一切都步入了正規。
整個六月，崇明島二十多萬軍民處於埋頭髮展模式，而外面的形勢越來越惡化了起來。
六月十日，來自杭州的使者抵達了崇明島，帶來了弘光帝的聖旨。
越國公，左都督，太子太保，這是
