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究的新境界。他運用進化論思想研究古代社會生活，著有《論小學與社會學之關係》、《讀書隨筆》、《國學發微》、《小學發微補》等作品，具有開創性的意義。
劉師培三十多年的生命歷程中，著作頗豐，其中關於論群經及小學者二十二種，論學術及文辭者十三種，群書校釋二十四種。劉師培去世後，錢玄同等人將劉的文章整理編輯成《劉申叔先生遺書》。
1917年底，北大文、理、法三科各學門先後成立研究所，入研究所學習的學生成為研究員，劉師培兼任了文科研究所國文門的指導教師（類似於現在的研究生導師）。開始，他所指導的研究科目為“文”和“文學史”兩個研究方向，定每月第二週和第四周的週四安排一個小時時間，分別與“文學史”、“文”兩個研究方向的研究員進行研討。後來研討日期稍有調整，但仍是每月分別指導一次。從1918學年開始，劉師培所指導的研究科目調整為“經學”、“史傳”、“中世文學史”、“諸子”四個方向。在所有國文門的教員中，他指導的科目最多，次為黃侃，指導三科，餘者僅擔任一科，如朱希祖、錢玄同、吳梅、周作人等。北大的這一工作為編纂完善的中國政治史和專門史打下了良好基礎。但五四運動發生、蔡元培離京出走時，徐樹錚乘機向北洋政府國務院提出由政府收回北大國史編纂處，直接隸屬國務院，改稱國史館，北大的這項工作被迫中斷。
1919年，北京大學出版了《中國中古文學史》，此書是劉師培在北大中國文學門任教時所編講義，出版後很受學生歡迎，反響極大。
劉師培在《中國中古文學史》中，第一次把中古文學作為獨立的研究物件，篳路藍縷，功不可沒。本書從政治、思想、風俗、時尚等方面闡述了文學發展變遷的大勢和文體文風的演變歷史。本書最大的特點就是廣徵博引，其引證資料的廣博和慎密，堪稱文學史著作的典範，而劉師培對史籍的熟稔程度，也令人歎服。本書以引用資料為主，表達觀點為輔，在寫作方法上，先羅列史料，間或夾雜劉個人的觀點，再選錄相關文章，進行印證，相互呼應。
劉師培是近代研究魏晉玄學的開創者之一，早在1905年，劉師培就在其著述《國學發微》中對魏晉玄學進行了較為全面的論述。魏晉時期是被學術界忽視的一個時代，1902年，梁啟超在《論中國學術思想變遷之大勢》中說魏晉時期是“中國數千年學術思想最衰落之時代”。但劉師培則認為魏晉南北朝時期“較週末諸子之自成一家言者豈有殊哉”，學術爭鳴和創新程度不亞於週末諸子；又說魏晉玄學“擷佛老之精華，棄儒家之糟粕”，此一時期“不可謂非哲學大昌之時代”，對魏晉玄學給予了充分的肯定。
劉師培在日本期間，曾組織人手編譯《共產黨宣言》，他還撰寫大量的文章介紹馬克思主義學說。在所有的《共產黨宣言》譯本中，劉師培的水平被許多近代史專家公認是最高的。劉師培對馬克思主義學說的研究和傳播，在當時留日學生中引起了較大的影響。當時在日本早稻田大學攻讀政治學本科的李大釗正是在他的影響下開始接觸馬克思主義學說，最後成為傳播馬克思主義的先驅，成為中國共產黨的締造者。
劉師培對早年參與政事很是後悔，他去世前對黃侃說：“我一生應當論學而不問政，只因早年一念之差，誤了先人清德，而今悔之已晚。”
1936年冬，陳中凡在《劉師培〈周禮古注集疏〉跋》一文中說，1919年秋，劉師培臨終前曾在北平家中談起自己的生平學問，當時他感慨良深地說：“餘平生述造，無慮數百卷；清末旅滬為《國粹學報》撰稿，率意為文，說多未瑩；民元以還，西入成都，北屆北平，所至任教國學、纂輯講稿
