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工藝落後的藥品就退出市場，比如抗菌藥中的土黴素、四環素等，但是，中藥從來沒有淘汰之說，創新能力低下已嚴重製約中藥產業的快速發展。
二是規模小、產業化程度低，仿、改制品種氾濫市場。企業生產規模普遍偏小，缺乏龍頭企業、各自為戰，抵禦市場風險的能力十分有限。製藥企業是一個高技術、高風險、高投入、高回報的產業，而這些小企業用於新藥物的開發研究投入微乎其微，技術附加值極高的新制劑的開發也處於落後狀態。因此，為了生存需要，“進行有限的仿製”便成為許多企業選擇的捷徑。
目前，我國新藥的審批條件是，只要符合安全、有效的標準就有可能獲得批准，有沒有優勢和特點並不在審批考慮的範圍內，這使每年都會有大量新藥上市，其中仿、改制品種佔有很高比例，新藥不“新”。
三是缺乏智慧財產權保護意識，使“洋中藥”大舉進入華夏國市場。目前。許多中醫藥企業、研發機構和科研工作者不諳專利，缺乏品牌意識，結果導致不少我國科技工作者的發明反而由外國人搶先申請了國際專利，如青蒿素、六神丸、牛黃救心丸等，使“洋中藥”大肆入侵，給我國中醫藥的發展帶來巨大沖擊和經濟損失。
四是缺乏完善的中醫理論、標準和規範。與西醫的“對抗醫學”不同，中醫屬於“平衡醫學”，它是依靠藥物、非藥物療法調整人體機能，達到治療的目的和效果，強調的是整體調理、綜合治療。具有鮮明的個性特點。但是，一直以來，人們對醫藥療效的認識，普遍是以西醫藥的標準來衡量，國際標準也是按西醫標準制定。目前我國還沒有一個完善的評價中醫藥療效的辦法和指標，實際上是借鑑西醫的評價體系。這不符合中醫的治病機理，也不能充分體現中醫藥的特點和優勢。
要發展中藥一是要保持中醫藥的特色。科技部農村與社會發展司生物技術與醫藥處調研員鄒健強接受記者採訪時說，事實證明，用西方的科學方法。比如還原論來研究天然藥、傳統藥並不太成功。基因組合的研究證明，每個人之間都有個體差異，中醫藥的特點是個性化的、動態的，特別是複方中藥。倡導對人體機能的整體平衡、綜合調理等，不是簡單的抄襲。把豐富的自然資源和歷史經驗的知識轉變為華夏國發展自己民族醫藥產業的優勢，突出並保持其特色是非常重要的。
二是制訂中醫藥的標準和規範，包括中藥材的生產、質量控制、流通規範。中醫藥學名詞術語的標準化和釋譯規範，中醫藥療效及安全性評價規範、國家藥典和中藥審評標準等，把中醫藥科學的內涵客觀地表達出來。因為只有在規範和標準條件下研究、開發出來的產品才具有穩定性、可靠性。因此。突出中醫藥特色和優勢的標準化過程十分重要，而如何處理中醫藥個性化和標準的問題也是醫藥專家必須正視的重要課題。
三是要積極改進中醫藥能夠滿足現代市場需求的行醫方法。中醫已經有2000年的發展歷史，但是，直到今天，中醫藥僅佔中國醫療服務市場和中藥產業市場的1％。因此，要提高、改善中醫藥的醫療服務、產業技術水平，以適應現代生活的快節奏。儘管中醫採用獨具特色的“望聞問切”的診斷方法，但現代醫學發展到今天，已經不能只靠感官。作為一門科學，如果需要被人廣泛認識和掌握，能夠在使用的基礎上總結其規律，把經驗轉化為知識，進而上升為理論指導十分必要。
我國具有豐富的天然藥物資源，然而由於過度開發等原因，一些中藥材資源瀕臨枯竭。中藥行業的發展高度依賴於資源的可持續和合理利用。中藥資源應該在保護的基礎上合理利用，建議從以下幾方面對中藥資源加以保護：1加強中藥種植的區域規劃，實施中藥資源保護和合理利用工程。以保護瀕危稀缺中藥資源為核心，以中藥優質種源繁育、野生
