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另外現在南洋戰事己經結束，荷蘭勢力已經撤底退出了亞州，中國在南洋地區建立了絕對的權力，因此對南洋地區的管理和控制，也要拿出一個詳細的規則，內閣經過幾個月的討論之後，也終於拿出了一個俱體的方案。
首先是在南洋建立一個以中國為首主導的新秩序，將各國劃定彊域，使各國都有自己明確的彊土海域邊境線，從此以後，各國就將自守各自的土地，不得越界。
當然劃定疆域並不是南洋各地都均分給南洋各國，而是以各國目前的實際控制地區為準，並不是由各國自己說多少是多少，而其他不屬於南洋各國的疆土，則全算是中國的土地。比如巴達維亞雖然在名議上是馬打蘭蘇丹國的領地，但其實馬打蘭蘇丹國並洠в惺導士刂瓢痛鏤�牽�虼稅痛鏤�譴喲艘院缶退閌侵洩�牡嘏塘恕�
雖然這時南洋有十餘個土著國家，但實際統治的地區還不到南洋四大島嶼總面積的四分之一，其中在加里曼丹島幾乎有近九成以上的土地都是無主的，而蘇門達臘島和蘇納威西島也都有近七成土地無主，只有爪哇島上的無主土地較少，只有西北部的巴達維亞地區，和東南部爪哇群島地區。儘管這些地區現在都是無人區，但其實都蘊含著相當豐富的資源和戰略地位，而現在首先把這些地區先劃歸到中國的領土裡面來，以後再慢慢的開發。
其實這一招商毅是像俄羅斯學的，在另一時空裡三十年後發生的中俄之間的雅克薩之戰和簽定尼布楚條約事情，後世的學者在研究這一歷史事件時，往往只是著眼於中國雖然在軍事情從得了勝利，但和俄羅斯在簽約的時候，在領土上做出的許多讓步，將約一百四十萬的土地讓給了俄羅斯。但卻忽略了這一次談判其實從一開始的時候，就是北極熊給中國下了一個大套。
即在劃定了邊境之後，除了中國的土地之外，那麼其他的就都是俄羅斯的土地，實際在當時，俄羅斯對亞州部份的控制力極為有限，由其是遠東、西伯利亞地區其實就是三不管的地方。而在尼布楚條約簽定之後，那麼俄羅斯就在法理上獲有了這些地區，不管當時俄羅斯有沒有能力開發，但劃歸自己再說。就算中國在談判的時候，沒有在領土上作出讓步，其實俄羅斯都己經佔了大便易。因此千萬不要被北極熊粗魯的外表所迷惑，其實這頭熊是相當狡猾的。當然現在商毅也將這一招用在了南洋。
南洋秩序就先這樣初步確定下來，而其他的事情，比如中國和南洋各國之間的政治軍事合作、發生爭端怎樣解決，經濟來往、關稅、貨幣兌換等等事務，則就要招集南洋各國一起協商確定。當然這個秩序是中國單方面確定下來，至於南洋各國的態度，是否贊同中國提出的這個主張，則被南京內閣直接無視掉。能夠承認他們現有的土地就不錯了，估計也不會有那個國家不知趣，敢拒絕中國的要求。
這些是針對南洋各國的規則，而針對中國在南洋的利益，將南洋地區劃分成三個總督區，每個區設立總督府進行管理，毎一個總督府的權力都和以前的呂宋總督相似，總督將由南京內閣指任，但擁有很大的行政自主權，可以自行組織行政機構、官員、軍隊、關稅制度，但所有費用都由總督府自行承擔，而且每年都需要向國內上交一筆稅收費用。
而三個總督區分別為：婆夷州區，包括加里曼丹島、蘇拉威西島、馬魯古群島，總督府設在蘇卡達納；爪哇區，包括爪哇島、爪哇群島、東帝汶群島，總督府設在巴達維亞；金州區，包括蘇門達臘島，馬來半島等地區，總督府設在馬六甲。這樣一來，也就確立了中國在南洋地區的實際控制權。同時商毅也下令，將南洋艦隊一分為二，分駐廣州和馬尼拉，以維持中國在南洋地區的軍事力量。
另外也規定；每一個總督區在年滿五年之後，可以向國內申請建省，正式併入國內。
