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二、在布隆吉爾築置新城，駐兵五千，沙州等地也各設兵防守。駐軍由甘、涼、肅三路所屬軍隊派往。在駐防兵內，每營撥餘丁兩百人，給予耕牛、種子、口糧，到赤金衛、柳溝所墾地，三年後計畝收糧充餉。
三、請移靖逆衛同知駐布隆吉爾處理民事，並增設衛守管理屯糧，在沙州設千總，專管屯務，歸肅州道管轄。
四、邊外既設駐防肅州鎮，只於口內分守，應汰兵八百，並令駐兵耕種，不應仍令遊牧生事。派遣大臣率員到布隆吉爾迤南山中分地居之，以使地界明析。
這些措施大多被雍正帝採納。不久，年羹堯派兵肅清叛匪餘部。平叛戰爭結束之後，年羹堯向雍正帝提出了《善後事宜十三條》和條奏《禁約青海十二事》，其中對青海的善後撫治進行了詳細的論述。年羹堯向雍正帝提出了對青海進行有效的管理如編戶齊民、定朝貢和互市制度、整飭喇嘛廟等等一系列措施。
雍正帝認為年羹堯條劃周詳，根據他的建議，又同眾臣討論，最後在青海地區實行了一系列的改革，主要的有：
一、大力整飭蒙古各部。對於青海和碩特蒙古諸部首領，根據他們在戰爭中的態度分別給以賞罰，恩威並施，以警戒其餘諸部。
二、對於青海地區的蒙古各部，仿照內蒙古實行札薩剋制度，將青海蒙古各部編為二十九旗，每百戶編為一佐領，不滿百戶者編為半佐領，數個佐領編為一旗，即一札薩克。每旗旗長由部落首領即臺吉擔任，每札薩克俱設協領、副協領、參領各一員，遊牧於青海的其他蒙古各部，也依此例編旗分為佐領，共有綽羅斯兩旗，土爾扈特四旗，輝特一旗，喀爾喀一旗，但這八旗不再如從前那樣隸屬和碩特，而是區劃出來直接聽命於中央政府，政治地位與和碩特相等。每年會盟一次是遊牧民族自古以來形成的定製，同時對促進本民族的進步和穩定也有積極作用。正緣於此，雍正帝尊重這一民族習慣，同意予以保留，但為使會盟不致成為反叛分子進行叛亂的工具，清政府將會盟劃歸政府管理，由西寧辦事大臣主持。從各旗選擇老成恭順者委充盟長，&ldo;如朝廷遣官敕往，不論秩崇卑，王公以下俱跑迎，有背貳者必懲。&rdo;各旗劃分地界，不得私佔牧地和私自往來。這一禁約，表明了清政府在青海地區明確申明土地國有，並疏離了各部之間的關係，竭力避免分裂分子利用民族親緣的凝聚力培植反動勢力。
三、撫治藏民。青海、四川、甘肅、雲南等省境內的藏民，自明朝以來就不能撫治，&ldo;或歸喇嘛耕種，或屬青海納租&rdo;，他們也參加了羅卜藏丹津的叛亂。這時應乘平定叛亂之機，將他們收為編戶齊民，設立衛所，徵其賦稅。另在一部分藏民中仍命土千戶、百戶、巡檢，歸原先設立的道、廳及新建的衛所管轄。他們所納錢糧，要少於原交給喇嘛寺和和碩特的額數，以示寬大。
四、改西寧衛為西寧府，下設西寧縣、碾伯縣(碾伯所改)、大通衛。築大通、白塔、永安三城，分設總兵、參將、遊擊，屯兵駐守。設&ldo;青海蒙古番子事務大臣&rdo;，總理青海政務。
五、大力整頓青海各喇嘛寺院。西寧各寺，大者僧徒兩三千人，少者五六百人。叛亂中，這些人紛紛參與叛亂。現應限定寺廟規模，廟舍不超過二百楹，僧眾不超過三百人。由政府按人供給衣糧，禁止他們徵收賦稅。
六、因和碩特的統治區與達賴、班禪治區有交叉，故論及撫綏達賴、班禪辦法，每年賜達賴茶葉五千斤，班禪二千五百斤。過去藏人與內地貿易，達賴在叉木多、乍丫等處收&ldo;鞍租&rdo;，清朝在打箭爐收稅，自是定議兩處免收，以利貿易的發展。
七、透過派駐軍隊、修建城堡、設定衛所等措施，加強對青海、西藏的控制。如：自黃
