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對那些始終抗拒改土、罪行深重的土司、土官，雍正帝則給予嚴厲打擊，從重治罪。雲南鎮沅土知府刀瀚、貴州薛世乾都因平日惡行昭著，又一直對抗官兵，改土之後把他們處死或終身監禁，土地財產等全部沒收，當地土民皆同聲稱讚。
在革除了土司之後，新任的流官就對安定改土歸流地區起著至關重要的作用，因此必須派去有能力、忠誠可靠、肯吃苦、清正廉明者。雍正帝對此十分清楚，他在諭旨中寫道：&ldo;凡屬番夷苗倮雜處省份，若能使文武弁員清正自持，絲毫不敢不利於彼，可保無一事也。此乃探本尋源上策，當竭力勉此。&rdo;
改土歸流後，烏蒙地區總兵劉起元恣為貪虐，私派公費，侵欺糧餉，引起了當地少數民族人民的憤怒。在這種情況下，原來烏蒙土司利用民怨進行了叛亂。鄂爾泰針對流官為政苛猛的問題，也在奏摺上感慨萬分地說：&ldo;欲使人民相安感戴，實不在法而在人，得人之難，難於任事。&rdo;因此，雍正帝和鄂爾泰一方面加強對流官的選任，一方面又加強對流宮的監督和考察，一旦發現有不利於地方安定的流官就撤換和治罪。由於雍正帝、鄂爾泰君臣二人的努力，改土歸流地區的第一任流官基本上是清廉的，對安定地方、發展地方的生產起到了良好的促進作用。
為了減輕土民的負擔，雍正帝對改流之後的西南地區統一賦稅，對那些生活較內地農民貧困的地區，則採取了輕收賦稅的政策。土司統治時，不僅賦稅很高，而且是高得離譜、名目繁多，土司對土民隨意徵收，什麼&ldo;火坑錢&rdo;、&ldo;煙火錢&rdo;、&ldo;鋤頭錢&rdo;，直至將土民剝削得一無所有仍不罷休。改土歸流後，土司的特權被革除殆盡，被解放的土民則只需向官府交納賦稅。清政府命以原定貢額為準，並令土民各報田產，然後仿照內地的&ldo;攤丁入畝&rdo;辦法計畝徵糧，改變了土民受盤剝的狀況。永順地區廢除攤派後，每年徵秋糧銀二百八十兩，比起土司的任意徵派，減少為不及原來十分之一的額數。私自徵派則由於土司特權的消失或衰微，也被廢除。改流后土民所受的剝削要比改流前輕得多，提高了土民的生產積極性，對西南地區的開發起到了促進作用。
同時，為了發展生產，清政府在改土歸流之後又興修水利，造蓄水田。如雲南昭通府在改流之後，興修水利十項：新澤壩、利濟河十八道壩、冷水河壩、新澤溝、天梯溝、月方塘、省耕塘、二道溝、三道溝、八仙海渠。這些渠道新修之後，可以灌溉土地兩萬畝之多。雲南全省改土歸流後興建的水利事業達七十項之多，還設定了水利專官，這些專職官員從同知、通判、縣丞到典史、吏目凡十餘級。
西南的少數民族千百年來一直生活在一個比較落後的環境裡，這是由於西南山深林密，交通不便，隔絕了它們與外界的接觸聯絡。同時統治者所施行的民族壓迫政策，使少數民族與漢族產生了隔膜，使它們接觸不到新鮮的的東西。既然要統治西南土民，鞏固改土成果，必要的一條就是將少數民族人民向中原朝廷拉近，使它們和內地不斷交流，以達到一定程度上的同化和理解。為此，發展交通就成了當務之急。
西南地區交通條件自古就很差，由於受自然地理條件限制，當地交通發展極為緩慢。為了彌補由於山地連綿所造成的不便，雍正帝指示在發展西南交通時，要充分利用當地多大江大河的特點，水陸並重地進行通盤思考。
清政府大力開發新改流區的水陸交通。水路的開通，以清江、都江以及溝通滇粵的土黃一代河道最為重要。清江原來&ldo;舟楫不通&rdo;，自貴州都勻至湖南黔陽600餘公里的清江長期淤塞不通。雍正七年（1729年）開浚後，舟楫往返，千里無阻。雍正九年，古州等
