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不僅僅是帝皇偶爾陷入恐怖的瘋魔狀態，雷霆戰士本身面臨巨大的問題，這些強大的舊戰團暴露出和他們戰力一樣恐怖的毛病。壽命和失控。 帝皇只是停止對雷霆戰士的補員，但後續戰鬥中陷入的精神錯亂讓他採取了更為積極的措施。根據阿里克·塔拉尼斯的說法，雷霆戰士的毀滅之戰是最後一役結束後進行的，由帝國唯一能擊敗雷霆戰士的部隊下手。而另一種說法認為雷霆戰士在自身的劣化中發現了真相，從而將反叛的矛頭對準帝皇。 但不論理由如何，傳說一支由統領康斯坦丁·瓦爾多帶領的禁軍部隊夥同數千名星際戰士新兵在帝皇的防線上對雷霆戰士進行了無情的淘汰。大多數雷霆戰士都陷入瘋魔狀態，這時候帝皇突然使用強大的靈能力量將大部分失控的雷霆戰士擊暈，他們被放入帝皇製造的靜置力場，深深埋入任何人都不知道的地下。 然而光是軍事統一是不夠的，人類還需要改善與修正，因此在戰爭勝利之前，帝皇和他的科學幕僚們便已經開始遺傳學改良計劃，這樣做的首要目的是為了穩定人口，重建人類種群，就像被大規模殺傷性武器毀滅前的地球那樣。 另一方面，這樣做還是為了清理基因組，將人類迴歸到原初那樣，銀河系將屬於人類，但人類僅限於獲得帝皇眷顧那些的純潔種群。在生物學復興的同時，泰拉文明與行星政府也得以重建，皇帝建立了一個包羅永珍的官僚機構去管理和復興他的世界，並將那些古往今來的知識學識收入囊中。 泰拉的統一隻不過是開始，在MK30中葉帝國完成對泰拉政府的重建工作後，帝皇前往火星面見了機械教，簽署《火星條約》讓泰拉與火星組成同盟，成為奠定人類帝國建立的真正基礎。 紛爭時代，舊世界的軍閥也開始被帝皇打倒，羅蘭和黑暗之王的戰鬥還在繼續，只是兩人那恐怖的無盡的戰鬥，把作為主人格的帝皇已經帶入了瀕死地步，現在的帝皇還不是後世那個擁有無盡信仰之力的人類之主，他的信仰皆送給了羅蘭，讓他有機會和黑暗之王戰鬥，否則依靠中古世界的信仰，羅蘭遠不是黑暗之王的對手。 微妙的平衡持續了許多時間，千年為單位的時間過去，戰錘世界的基因原體被製造出來。 基因原體們，在基因意義上，是人類帝皇的二十位“子嗣”，亦是星際戰士軍團基因意義上的“父親”。帝皇利用自己的DNA創造了這些理論上各機能遠超普通人的超人：相較於普通人，他們體型大得多，身體強壯、堅韌得多，速度快得多並且更加聰明。與此同時，他們還有超凡的個人魅力，足以勝任統帥帝國部隊作戰這一本職工作。原體們性格迥異，各具特長，在帝皇劍指銀河的大遠征中發揮著各種獨特的作用。 基因原體們是在泰拉的一座受嚴密保護的地下實驗室中被創造出來的。根據“飛昇者”英格瑟爾的說法，帝皇藉助禁忌科學和關於亞空間的神秘學識創造了眾基因原體。 靈族領袖烏索蘭也認為帝皇在創造原體時利用了亞空間的黑暗能量。據推測，眾原體體內充滿了亞空間的能量，帝皇透過莫洛星的亞空間傳送門獲取了製造他們所需的亞空間知識。 製造基因原體時，強大的永生者爾達（帝皇的伴侶）也貢獻出了她的基因物質，並視眾原體為她的“兒子”。佩圖拉博後來估計，他應該出生於第30個千年的792年，差不多可以作為原體誕生具體時間的證據。 “我已經快要不能支撐這具身體了，未來如此多的片段一直出現在我腦海裡，我是帝皇，更是人類的指引者，人類是我摯愛的孩子，這些原體也是如此。”一個人站在喜馬拉雅山麓的帝皇半跪在地上，此刻他已經不是那位可以指引人類命運的帝皇，他就像是苟延殘喘的病人一樣。 巨大的亞空間風暴襲來，混沌四神製造了一場劇烈的亞空間風暴，在原體長大成人之前將他們從帝皇手中盡數捲走，據推測他們也設法在某種程度上汙染了尚為嬰兒的原體們。 唯有帝皇，此刻他睜開眼睛，強大的信仰之力加持下，羅蘭
