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朱載坖認為，還要對朱翊釴的講官們進行調整，朱載坖認為，現在朱翊釴的講官完全以翰林官們充任，對於朱翊釴來說並不合適，作為皇帝，朱翊釴日後是要治理國家的，僅僅依靠經義是顯然不現實的，朱載坖要求充實朱翊釴的講官隊伍。
除了現有的講官之外，內閣首輔高拱、次輔張居正還有閣臣陳以勤，吏部尚書楊博、兵部尚書霍冀、禮部尚書趙貞吉都要抽出時間去給朱翊釴上課，尤其是霍冀和楊博，對於兵法、大明面臨的威脅，北虜、東虜的情況，都要向朱翊釴作一介紹。
同時朱載坖還要求錦衣衛將蒐集的大明境內土司、鄰國，西夷、倭寇的相關情報整理成冊，向朱翊釴進呈，幫助朱翊釴瞭解大明現在的所面臨的情況，朱載坖當著閣臣們對朱翊釴說道：“太子，為君者，當心懷天下，包舉宇內，眼光所至，不要僅僅是大明，對於四夷之情，也要做到心中有數，要早有準備。”
朱翊釴趕緊領旨，朱載坖對高拱說道：“要和海瑞說，儘快推進大計，尤其是對於地方州縣和六部衙門，要嚴格大計，切實重新整理吏治。”
隨即朱載坖在海瑞的奏疏御批道：“卿所言甚是，下內閣詳議！”同時朱載坖下令對詹翰官加以申斥，這下使得京師的官員們大為吃驚，沒想到海瑞的聖眷之深，已經達到這種地步了，連詹翰官都要被申斥，他一個舉人出身，上疏討論皇太子的聖學問題，居然能夠得以被採納。
可見海瑞的聖眷，連詹翰官都要避其鋒芒，那其他官員就更不用說了。這對於大計的推行，有極大的好處。在內閣和朱載坖的催促下，海瑞首先對京師部院衙門和直隸的州縣官員加以大計。
對於直隸的州縣官員，海瑞還是很瞭解的，畢竟海瑞擔任過多年的順天巡撫，河間知府等職務，在海瑞的審查之下，一批官員被大計彈劾，甚至因為貪墨被移送法司嚴懲的州縣官員也有幾個。
而趙貞吉也在對科道的大計中黜退了一批御史，因為他們在任上專恃欺隱，彈劾盡為不實之詞，所以趙貞吉奏請朱載坖，對這批御史予以黜退，得旨，凡御史不能據實劾奏，為黨亂政者，俱黜退！
對於這些放肆妄言的言官，朱載坖早就不滿了，朱載坖給與言官這麼大的權力，准許他們審查所監察部門的賬目，就是為了為大明除去貪官汙吏，但是言官們還是積習不改，風聞言事成了習慣，這次朱載坖可不慣著他們，對凡是一貫風聞言事，拿不出真憑實據的言官，朱載坖明旨要求海瑞、趙貞吉等人予以黜退，重新考選御史。
同時對於吏部、戶部、兵部予以從嚴大計，因為朱載坖很清楚，這三個部門是貓膩最多的，吏部主官全國文官的考選升遷，尤其是吏部文選司和考功司，沒有問題才是怪事，還有戶部和兵部，都是有大量錢糧經手的衙門，出現貪官汙吏，是一點也不稀奇。
所以朱載坖要求海瑞等人從嚴稽核，對一時無法核實清楚的，將之交錦衣都司，由錦衣親軍負責查實。
而在大計的時候，左都御史葛守禮奏請朱載坖，請求由都察院在大計之後進行拾遺，這其實是之前京察和外察時的舊制，有不公者許令科道官指實劾奏，南京各衙門照例考察，有不公者令南京科道劾奏。拾遺對於科道來說是非常重要的權力。
按照葛守禮早奏疏中所稱：“科道之設將以補闕拾遺、舉正欺蔽，是以每當考察之後，例必糾正。”
而且之前科道拾遺的力度之非常之大的，葛守禮在奏疏中稱：“舊制，京察之歲，大臣自陳。去留既定，而居官有遺行者，給事、 御史糾劾，謂之拾遺。拾遺所攻擊，無獲免者。凡部院所考屬官有遺未處者及自陳未處之大臣，科道官皆可以拾遺糾劾之。”
凡是被科道拾遺彈劾的，幾乎沒有不被罷免的，可見科道拾遺的威力，而且科道拾
