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擊敗了清兵之後，休整了三日，任思齊下令兵發延平府，阿濟格並沒有死守延平，也沒有試圖重整軍隊和崇明軍廝殺，而是帶著敗兵退往福州，然後往南向泉州逃去。
十二月八日，任思齊帶兵佔據了福州城，開始準備對泉州方向的清軍展開最後的進攻。然而攻勢還未發動時，投降清軍的鄭芝龍部發生了暴動，數萬降兵在施琅等人的帶領下向著泉州的清兵展開了進攻，此刻泉州城中，阿濟格的敗兵加上博洛的軍隊也就一萬出頭，數量遠少於降兵，再加上剛剛經歷了一場大敗，士氣極為低落，竟然頂不住向降兵的進攻。孔有德廝殺之時，被流矢射死。阿濟格也身受重傷，一怒之下殺了鄭芝龍，帶著數千清兵撤出了泉州，往南安而去，欲和博洛會合，好退出福建。
任思齊帶兵到達泉州時，泉州已經光復，掌控泉州城的是鄭芝龍的兄弟鄭鴻魁。任思齊以隆武帝的名義召鄭鴻魁及鄭家各將領入見，然後把他們統統軟禁了起來，派出軍隊收編鄭家計程車兵，中間遇到了不少的抵抗，可是在崇明軍強大的戰力之下，抵抗被強行鎮壓了下去，數千人死在了崇明軍的刀下，其他士兵都乖乖的接受了改編。
收編了鄭家的軍隊後，任思齊手中掌控的軍隊將近十萬人，他立刻調兵遣將，開始對殘餘的清兵圍追堵截，終於在汀州把阿濟格和博洛追上，在戰鬥中綠營將領金聲桓臨陣倒戈，從背後向八旗兵舉起了刀槍，在明軍和投降的綠營兵的圍剿之下，剩餘的數千八旗兵被消滅在汀州的山巒之間，阿濟格奮勇衝突，斬殺數十個明軍，最後被崇明軍的火槍擊斃。貝勒博洛被生擒。
自九月阿濟格帶兵五萬入侵福建，歷經了三個月的大戰，以阿濟格的被擊斃，清軍的全軍覆沒而結束。而整合了鄭家的軍隊之後，福建也落入了崇明軍的手中。
第五百零三章 回師
福建鄭家陸軍的整編進行的非常順利，因為鄭家大部分軍隊聚集在泉州安平一代，陸軍先是奉鄭芝龍之命投降了滿清，然後在崇明軍大敗阿濟格攻打泉州時又反正舉義，被任思齊以隆武帝的名義把大部分將領都軟禁了起來。鄭芝龍已死，鄭鴻魁、施福、鄭芝豹等將領又被抓，十餘萬軍隊群龍無首，被輕而易舉的收編。
軍隊歸根到底打著的是大明的旗幟，雖然吃的是鄭家的餉銀，可除了少數一小撮大部分人還是承認隆武朝廷，被改編時除了少部分人試圖抵抗，其他人懾於崇明軍大敗八旗兵之威，根本興不起反抗的念頭。再加上任思齊慷他人之慨，拿著繳獲的銀子大量發餉銀，大部分鄭家嫡系將領被抓又空缺出了無數個職位，任思齊從中低階軍官中提拔素有威望之人，填補鄭家將領的空缺，然後又從士兵中提拔大量的人為低階軍官，人人都有銀子拿，又得到了難得的升官機會，誰還會去理會舊日的主人。
在整編的過程中，任思齊從崇明軍中選出千餘名計程車兵軍官，擔任新軍的核心，淘汰老弱共整編了八萬新軍，分為八鎮，任命了沙千里、施琅等人為鎮將。任思齊決定等回師南京之時，抽調其中的四鎮去南京。任命陳名揚為福建總兵，統率剩下的四萬新軍，負責整編訓練軍隊，鎮守福建，等待時機攻略江西兩廣。
陸軍的整編工作非常的順利，可是鄭家水師的整編就不是那麼容易了，因為一個人在清兵攻打安平時逃了出去，逃到了廈門島。這個人就是鄭芝龍的兒子鄭森。
鄭森逃到廈門島，投奔了駐紮在這裡的鄭彩，試圖說服鄭彩舉兵抗清，好報安平被屠母親受辱自盡之仇。可沒想到形勢變幻的太快，清兵竟然迅速的被崇明軍擊敗，然後崇明軍佔領了福州廈門。
當任思齊假借隆武帝的名義發聖旨到島上，命令鄭彩鄭森到福州覲見隆武帝時，鄭森說服了鄭彩不要去，而是應該先看看形勢再說。形勢很明顯，聽命令往福州的鄭家嫡
