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隊的第二任部隊長北野政次也從上海的戰俘營乘坐美國飛機回到日本。調查始於1946年1月17日，持續數月，地點在石井的住處，調查內容主要是細菌戰部隊的編制以及訓練作戰生產能力。石井四郎的抵制辦法是儘量少說，把細菌戰的研究規模說得很小，既不承認活體試驗，又緘口不連累天皇及其他人，一切責任由他負擔。2月25日調查結束之後，湯姆森於1946年5月完成了《湯姆森報告》。
湯姆森在調查報告中為731細菌部隊的石井四郎等人開脫。
湯姆森在報告中只是對日本在中國實行細菌戰的罪行進行了簡單的描述，說日本研究出了能夠在細菌戰中使用的傷寒、副傷寒、炭疽熱、馬鼻疽、鼠疫、破傷風、氣性壞疽等病原菌，以及過濾性病毒、立克次氏體（斑疹傷寒等的病原體），日本軍隊研究出的在細菌戰中散佈細菌的方法有：使用炸彈、炮彈、飛機噴霧和人工散佈。他們把研究的重點放在了發展炸彈上。到1940年時，已經發明和實驗了九種用於飛機投擲的炸彈，其中包括為汙染地面和產生傳染雲而設計的炸彈，還有破壞人的面板，利用傷口進行感染的炸彈。第731部隊研製的c型炸彈和宇治炸彈是細菌炸彈中最有效的，但是都有一些缺陷，如果石井四郎讓武器專家設法彌補這些缺陷，加以改良，則一定能夠製造出更有威力的細菌炸彈。然後指出日本軍隊的防疫淨水方法是最有效的細菌防禦手段。查明和預防戰場上發生的傳染病，對它們進行控制是防疫、淨水等部隊的任務。湯姆森故意隱去了第731部隊在中國進行細菌戰的事實，說：&ldo;雖然第731部隊的這些東西值得注意，但是日本絕對沒有能夠把細菌武器實用化。&rdo;透過這些分析，湯姆森得出如下結論：有關日本軍隊細菌戰的活動，不同來源的情報是一致的。提供人在被審問時提供的情報，其數量和內容都像是事先得到了指示。所有情報都是憑本人的記憶提供的，因為據說完整的記錄根據日本陸軍的命令銷毀了。接受審問的人都儘可能把日本軍隊細菌戰的規模，尤其對其發展攻擊型武器傾注的力量說得很小。
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