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第七三一部隊培養的細菌有：鼠疫、霍亂、壞疽、炭疽、傷寒、副傷寒以及其他細菌。在研製過程中，不僅使用動物，而且用活人進行實驗。為此，設有可容納三四百人的內部監獄。第七三一部隊還專門製造散佈細菌的特種武器，如自來水筆式和手杖式投擲器、瓷質飛機彈、&ldo;石井式飛機彈&rdo;，等等。該部隊生產細菌的裝置，規模龐大。按生產裝置和生產能力來說，每月能培製出300公斤鼠疫細菌。
第七三一部隊用活人進行實驗，是由關東軍參謀長東條正式批准的。一個親自進行這種滅絕人性實驗的戰犯，供述了一次用活人進行傷寒病傳染實驗的情況。他們預先準備了1公升投有傷寒病菌的甜水，然後把這一公升甜水用普通水沖淡，分給大約50個中國&ldo;犯人&rdo;喝了。這些人都是戰俘，其中只有少數幾個人事先受過預防傷寒的注射。遭受實驗而發病的這些人，被嚴格看管，進行觀察，而且為了保密起見，部隊工作人員通常把被殘害的人稱為&ldo;木頭&rdo;。第七三一部隊還進行類似戰鬥環境的野外活人細菌實驗。他們藉助電流爆炸細菌彈，使被實驗的人被彈片炸傷，受炭疽熱的傳染。日寇還採用同樣的辦法進行鼠疫病菌和壞疽菌的實驗。凡採用這種辦法實驗壞疽菌的中國戰俘，經受一週的痛苦折磨後，全部死去。為了研究治療，有的人被接二連三地進行實驗。先對受傳染的人進行治療，身體稍稍復員之後，再次進行實驗，直至死亡為止。
這些細菌部隊，除了用活人進行各種烈性傳染病的實驗之外，還廣泛進行冰凍活人四肢的試驗。第七三一部隊在做這種試驗時，每次用2‐10人不等。中國戰俘被看押在嚴寒的室外，強迫他們把手放在水桶裡，然後冰凍若干時間，直到被凍傷為止，再帶到監獄實驗室裡。而進行這種實驗的結果，受實驗者多半是四肢腐爛，被割去四肢，直至死亡。
實驗的目的在於使用。1940年夏，第七三一部隊長石井四郎中將親自率領一支特別細菌遠徵隊到華中戰區，在寧波一帶用飛機散佈鼠疫。結果使該地區發生疫病，造成大量死亡。1941年，該部隊再次派遠徵隊到華中常德，從飛機上撒播了傳染鼠疫的跳蚤。1942年，當日本侵略軍從華中某戰區退卻時，第七三一部隊又進行了一次細菌戰的遠徵。
日本帝國主義所進行的細菌戰爭，危害極大，貽患無窮。1937年和1938年在偽興安北省蒙古族部落裡發生的鼠疫，1940年在偽興安北省三河附近發生的炭疽，都和日本細菌部隊的活動有關，致使成千上萬的人死亡，給中國人民造成了難以估量的重大損失。
為了挑撥各民族的關係，日本帝國主義除了鼓吹大和民族富有優秀素質和卓越能力，是對其他民族進行啟蒙指導、居於領導地位的民族外，還竭力歪曲和捏造中國的歷史，胡說&ldo;滿洲自古以來就不是中國的領土&rdo;。為了籠絡滿族上層，日寇在瀋陽特別成立滿族學校，專門收容清代皇族子弟，進行特別教育。另外，如滿洲國軍警衛連，均由滿族士兵所組成，用以監視漢族士兵，防止暴動。
日本帝國主義對人口不到100萬、居住地區佔偽滿洲國領土3/1的蒙古族的政策，也是煞費苦心的。1933年7月和1936年5月先後兩次作出決定，對蒙古人的&ldo;指導方針&rdo;是：維護原有的舊制度，繼續利用蒙古的王公貴族對廣大蒙古人民進行統治；同時離間蒙古族同其他民族的關係，並利用蒙古民族的悍性格為日本帝國主義的侵略服務。
為此目的，在蒙族地區特別設立興安省，組成興安軍、興安軍區和興安軍官學校。後來偽滿軍改成所謂國軍之後，蒙古人的部隊稱為第九軍和第十軍。這些部隊多次被驅使到各處進行侵略戰爭，為日
