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與此同時，土耳其正在從陸路和海路調集兵力，埃及大部分地區仍未征服。拿破崙和他的高階將領之間的關係惡化。克萊貝爾僅出於對共和國的愛和責任感才勉強為拿破崙服務，但是德塞看來沒有服從拿破崙早先下達的放棄南部向巴爾拜斯進軍的命令。在聽到這個訊息後，拿破崙怒斥道：&ldo;得知你的行為後我一點都不高興，將軍公民……不論你的地位如何，軍人必須服從命令。&rdo;拿破崙還第一次抱怨他最喜歡的扎約翁謝克將軍無能。
最令拿破崙不安的是，儘管有蒙日在埃及科學院，但那裡卻仍然在醞釀著新的危險，公開的反叛情緒日益嚴重。因此，在得勝回到開羅後的第二天，拿破崙秘密地通知岡託姆將他最近在敘利亞和阿布基爾取得的戰利品裝船。拿破崙告訴岡託姆，他很快就會回到亞歷山大港的。
第十一章 通往大馬士革之路(5)
雖然拿破崙離開埃及的計劃是絕對機密的，不允許走漏半點兒風聲，但在亞歷山大港準備船隻的蛛絲馬跡還是引起了一些流言蜚語。除了佈列納、岡託姆和貝爾蒂埃之外，拿破崙連對蒙日也沒有透露此事‐‐因為蒙日不善於遁詞， 怕他被人追問吐露真情，所以直到離開的那天才通知他。8月17日，迪蓋對拿破崙抱怨道，&ldo;他們說您要離開埃及回法國，說您要帶走蒙日、貝託萊、拉納和繆拉&rdo;；儘管這只是謠傳，但是&ldo;大大動搖了軍心，希望您立即對此予以駁斥&rdo;。
為了掩人耳目。拿破崙派人放風說，他要去上埃及考察尼羅河三角洲。&ldo;我明天一早就要到三角洲去視察民間究竟有些什麼不公正的情況，並對這個國家的人民有一個更加深入的瞭解。&rdo;他在17日召開的軍事會議上這樣說。對迪蓋，拿破崙含糊其辭地說他要去地中海&ldo;研究敵人在地中海海岸的形勢&rdo;。蒙日在埃及科學院受到同事追問時十分尷尬，假裝糊塗，吞吞吐吐。他現在已經肯定傳說是真的了。面對滿腹狐疑而且很不想留在埃及的詩人格拉德梅森的再三追問，蒙日回答：&ldo;我的確一無所知。我想我們是要到下埃及去。&rdo;
8月17日晚10點，拿破崙的馬車停在了埃及科學院門前，蒙日、貝託萊和德農匆匆帶著行李上了車，向他們被出賣的同事說再見‐‐儘管有些尷尬，但無疑有些脫離苦海的感覺。蒙日離開了他親手建立的科學院，並從此不再回來。在厄爾費宮拿破崙的駐地，拿破崙向他的情婦波利娜&iddot;富雷絲隨意地吻別，拿破崙告訴她他只出去幾天就會回來的。事實上，他並不打算再見到她了，他從此也再沒有見到她。
午夜時分，拿破崙帶著他精心挑選的隨從，包括佈列納、迪洛克1、拉瓦萊特、儒貝爾和法國未來的元帥：拉納、繆拉、貝西埃爾2和貝爾蒂埃一行前往亞歷山大。格拉德梅森要求同行，在蒙日的說情下，拿破崙勉強同意。
拿破崙一行四五百人抵達亞歷山大港後，會見了梅努將軍，命令他繼續留在埃及。拿破崙又安排了一場明知自己不能赴約的約會，他邀請克萊貝爾將軍到羅塞塔來，同他會商極為重要的事情；他留給克萊貝爾一封信，任命他接替自己，為埃及遠徵軍總司令，負責指揮這支面臨土耳其軍再次進攻的軍隊。
在信中拿破崙說由於法國的形勢危急，他不得不抱著深深的遺憾離開埃及，他有責任回去挽救祖國的命運。他還留下命令，讓朱諾和德塞於秋季回國。拿破崙向克萊貝爾保證一旦回到法國，他會給埃及軍補充必要的武器彈藥和軍需以及&ldo;能彌補最近幾次戰役損失的足夠的生力軍&rdo;。但是，如果埃及的形勢繼續惡化，拿破崙指示克萊貝爾：
