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同時，埃及北部的戰役仍在繼續。11月28日，梅努將軍接替了亞歷山大的芒斯庫特，將亞歷山大地區和羅塞塔地區全部納入他的責任範圍。10月中旬，迪蓋將軍率4，000多人馬到達米亞塔，執行拿破崙&ldo;追擊阿拉伯人，嚴厲懲罰他們&rdo;的命令。安德列奧西被派往曼扎拉湖執行打通進軍敘利亞通道的特殊使命，而迪馬將軍、繆拉和聲名狼藉的拉尼斯則征服了埃及的東北部。
早在9月份，拿破崙就在認真考慮入侵敘利亞的問題了，當時他要求雷尼爾將軍探明進攻的路徑並命令毫不留情的騎兵軍官繆拉對那個地區的阿拉伯人進行&ldo;一切可能的打擊&rdo;。&ldo;我的意圖是，&rdo;他說，&ldo;毀滅他們。&rdo;拿破崙命令迪蓋將他的整個師團向前推進，透過&ldo;殺頭、抓人……焚燒村莊，給他們一個下馬威&rdo;的手段，樹立法軍的威名。
12月3日，拿破崙命令邦將軍向蘇伊士進軍，攻佔海港，控制紅海的海上商業通道，同時與紅海對岸楊布和吉大的阿拉伯人建立友好的聯絡，防止他們暗中幫助馬穆魯克。12月7日，到達蘇伊士後，邦將軍迅速完成了使命。
同時，在埃及最遠的東北部，拿破崙得到了雷尼爾的報告，稱約有2,300人的易卜拉欣貝伊軍擋住了他們向大馬士革進軍的道路。與此同時，邦和卡弗雷裡的部隊繼續在佩魯斯和開牙修築要塞，以鞏固向北推進的道路。拿破崙命令岡託姆準備海上運輸船隻、火炮和軍需，以備遠徵敘利亞之用。
一切準備就緒，埃及被牢牢控制之後，開羅又一次平靜下來，拿破崙向開羅市民發布了告別書，告訴他們自己已經寬恕了他們的血腥起義和騷亂。&ldo;真主要我以寬大仁慈為懷。有朝一日，人人都會證明我現在所遵循的是更高的使命，為此，無人能夠阻擋我！&rdo;然後，他對穆斯林發表了一通模稜兩可的言論，這是他以後希望從歷史上抹掉的言論。他宣稱在伊斯蘭的敵人被擊潰之後，&ldo;當伊斯蘭擊敗十字架後，我將從遙遠的西方前來完成真主交給我的使命&rdo;，即他將成為伊斯蘭教的領袖。
宣言結束後，拿破崙在貝爾蒂埃、多馬丁、卡弗雷裡、岡託姆、蒙日、貝託萊及其他人的陪同下，帶著300多人的隊伍離開了開羅，越過東部的沙漠，於12月27日到達蘇伊士。經過3天的匆匆考察，他又出發了，順路到蘇伊士古運河做了一次旅行，他希望有朝一日能夠修復古運河。然後，在1799年1月6日回到了開羅。現在，他已經下定決心，要儘快地進軍敘利亞。
第十一章 通往大馬士革之路(1)
徵戰敘利亞將是拿破崙在中東的最後一次大規模遠徵，而且從一開始就註定要失敗。最後得到拿破崙的許可，可以回到歐洲投入義大利情婦懷抱的貝爾蒂埃，現在卻改變了主意，要留在拿破崙的身邊再次試一下運氣。此外，就沒有什麼值得高興的訊息了。士氣繼續下降；成千上萬計程車兵感染了幾乎無法治癒的眼炎，住在醫院裡；此外，從開羅到亞歷山大全國蔓延鼠疫（僅此一項就又奪去了2,000法國遠徵軍的生命）。恐懼、睏乏和冷漠席捲了全軍。1798年9月9日，奧斯曼蘇丹對法蘭西共和國宣戰，是對法國的最後一擊，有效地困死了在埃及的法軍。但是，拿破崙手中雖然沒有可以和英國人在埃及海灣抗衡的海軍，他至少還有陸軍。現在，他手上的人馬不足2萬，而且13萬人正在準備對傑扎爾的軍隊發起進攻，對方的兵力超過了4萬人，正在北方憑藉著巨大的堡壘和強大的騎兵嚴陣以待。拿破崙在這種情況下發起進攻雖說魯莽卻顯得大膽而有魄力。
1799年1月31日，第一批4個軍團從開羅出發由陸路向敘利
