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不過，因戰事已緊，明王朝迅速崩潰，已無暇過問“坤輿格致”的命運，因此該書未被刊行，後來也便在明末清初紛繁的戰事中遺失了。而“崇禎曆書”卻由於湯若望挺身而出，據理力爭，不僅躲過了浩劫，後來還得以頒行天下。
如今，傳教士們的身軀早已化作一掊黃土，留下的是這座濃廕庇日、儲存了60尊各國教士墓碑的墓園，它已成為中西方科學文化交流的一個歷史見證，以及超越時空的推進人類思想文明的象徵。
康熙賜諡號的南懷仁
康熙賜諡號的南懷仁
南懷仁（Ferdinand VERBIEST）是耶穌會士中數一數二的傑出人物。1623年10月9日，生於比利時，他先在布魯日讀了一年書，後在庫爾特來讀了四年，又在盧汶攻讀哲學一年。
1641年，年方十八，進了耶穌會初學院。他曾有五年之久任文學和修辭學教師。他因傳教心切，兩次從西班牙赴美洲，均未如願。1657年，他的長上派遣他隨同衛匡國（）神父去中國。抵達澳門不久，於1659年發願。
南懷仁和利瑪竇（）、湯若望（）兩位神父有著很多相似之處；對科學有很深造詣，對傳教事業有高度熱情，以及其他操守方面的優良品德。對當時信仰基督還處在初始階段的中國來說，在傳教事業的迫切需要上，除了利、湯兩位神父外，幾乎再無別人能比南懷仁更重要了。
在他廿九年的傳教生活中，專心從事宣傳福音的工作。經南懷仁神父的努力，使長期被流放在外的一批傳教士得以迴歸教區工作。
1659年，他先是被派去陝西，和李方西（）神父共同工作。後於1660年被調往北京幫助年事已高，出任欽天監監正的湯若望神父從事歷算工作。
1664年，由於楊光先和四名輔政大臣的發難誣告，使湯若望和其他傳教士，並整個天主教受到*。時湯若望因身患癱瘓，說話困難，且身系桎梏，跪地受審，已無力為自己申辯。南懷仁寸步不離，不辭自身的艱險為這位難友在森嚴的大堂上代為辯護。
當時在京的四位神父都被腳鐐手銬，投入大牢達六個月之久，其中南懷仁神父因年輕力壯，所戴鐐銬更為沉重。他們幾乎每天被提審，然後再被投入大牢。在獄中，他們除祈禱外，又為前來探監的眾多教友聽神工，鼓勵他們堅守聖道，忍受磨難，並講述聖教初期的教難事蹟。
1669年清帝降旨開釋南懷仁、利類思（）和安文思（）。但湯若望已於三年前去世，其他傳教士仍流放在廣東。自此開始逐漸復職。著令南懷仁任欽天監一職。
南懷仁得到皇帝的信任後，不失時機而又審慎地請求皇上讓流放在廣州的傳教士們迴歸內地，並在全國各地自由傳教。皇帝即出諭旨，保證凡在他幼年輔政時期遭受磨難的神父可安心向他呈訴。於是南懷仁和兩位同會會士奏請追究楊光先等僭越大權，假公濟私進行誣陷，禁止宣揚真教並驅逐傳教士一案。經有關各部及王公大臣等會同審議後，終於皇諭公佈：天主教教義教規曾被不公正地查禁，今查明並無違反國家利益庶民職守之道。為此，凡被逐教士可回原堂從事本職。諭旨併為湯若望公開*昭雪，恢復原賜榮銜，又撥鉅款為其修建墳墓。這道諭旨在1671年頒佈。
1675年，南懷仁又作出了為人稱譽的業績。當時吳三桂叛亂，並挫敗清軍。因吳三桂叛軍盤踞山區，非大炮就無法進攻。南懷仁當時把湯若望所鑄火炮修復。
除此之外，南懷仁從事於其他有利國計民生的大量工程：如開掘運河，疏通河道。
1676年，南懷仁被任命為耶穌會副省會長。
