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進城後，朱棣出榜安民，祭高皇帝陵，準備登基，準備工作主要就是處理建文舊臣。前面已講，隋唐五代就已進入職業公務員時代，朱家兩叔侄搶天下，大家只不過拿了工資各為其主。現在叔叔搶贏了，那麼兩撥人的工資就都該你一個人開了。盛庸、平安這些人幾天前還拼著命想把燕逆弄死，但下個月太宗還得往他們帳上打錢。尤其是李景隆，堪稱靖難第一功臣，後來確實混成了首相。地方官更絕少反對新皇帝，反正他們只聽朝廷的命令，至於朝廷是誰在操控，那就不該他們操心了。
當然，也有極小一撮建文帝的心腹。朱棣宣佈了齊泰、黃子澄、方孝孺等五十餘&ldo;奸黨&rdo;，這些人大多已自殺殉君，其餘也多被誅族。例外的是讓朱棣吃盡苦頭的徐輝祖，他沒有喜迎姐夫進城，而是跑到徐達的祠堂。姐夫很生氣，派人把他抓起來，他寫了一份供詞，說明其父的功勳以及明太祖所賜免死鐵券。朱棣氣得哇哇大叫，但也不能違背免死鐵券，最後削除他魏國公爵位，軟禁至死。當然，也有一些陰謀論者認為徐家兩兄弟是在兩邊下注。後來徐輝祖、徐增壽兩支後裔均世襲公爵，成為明朝最顯赫的一個世家。
進城前，僧道衍曾向朱棣提出，建文帝的心腹都得殺，但不能殺方孝孺，否則&ldo;天下讀書種子絕矣&rdo;。方孝孺是當時最負盛名的儒士，朝廷討燕的詔檄均出自他的手筆。僧道衍不殺他，既是為了保留讀書種子，更重要的是想讓他草擬即位詔書，帶頭示範，讓原本反對朱棣計程車人歸心。
朱棣召來方孝孺，據說人還沒到，悲慟之聲已充塞殿陛。朱棣等他哭夠了，親自下階說：&ldo;先生不要自苦，我只不過是想效法周公輔成王罷了。&rdo;這人也不知是文化太低還是臉皮太厚，居然把鐵鉉教訓他的材料拿來當說辭。
方孝孺說：&ldo;那成王何在？&rdo;
朱棣說：&ldo;他自焚死了。&rdo;
方孝孺又說：&ldo;那為何不立成王之子？&rdo;
朱棣連忙擺手：&ldo;國賴長君，他才幾歲，怎麼行！&rdo;
方孝孺又說：&ldo;那為何不立成王的弟弟？&rdo;
方孝孺雖學富五車，但辯論水平也不怎麼高，說到這裡其實已經說錯了‐‐既然可以立建文帝的弟弟，那又為何不能立朱標的弟弟？如果朱棣這樣接過來，方孝孺就吃癟了。可惜朱棣的辯論水平更差，氣急敗壞地說：&ldo;這是我家事，不要你管！&rdo;朱棣把紙筆塞給方孝孺：&ldo;詔天下，非先生不可！&rdo;方孝孺投筆於地，哭罵道：&ldo;死即死耳，詔不可草！&rdo;朱棣終於忍不住了，下令磔殺方孝孺。方孝孺慷慨就義，留《絕命賦》一首：
天降亂離兮，孰知其由；三綱易位兮，四維不修；骨肉相殘兮，至親為仇；奸臣得計兮，謀國用猶；忠臣發憤兮，血淚交流；以此殉君兮，抑又何求？嗚呼哀哉兮，庶不我尤！
方孝孺一介書生，不畏強權，堅持忠誠與正義，廣受後世讚揚。明太宗恨死了他，甚至死後還禁傳他的文章，但明太宗駕崩當年，明仁宗（朱高熾，年號洪熙）繼位，尚未改元，便立即做了一件忤逆先皇的大事：為方孝孺昭雪，不但允許他的文集出版，還釋放了許多被流放的方孝孺親屬。百餘年後，明神宗（朱翊鈞，年號萬曆）在南京為建文忠臣立表忠祠，以徐輝祖居首，方孝孺次之。
明太宗登基後又把鐵鉉抓來，鐵鉉不願北面見他（以臣見君），於是背對著他，坐在廷中謾罵燕逆。燕逆很生氣，要他轉過身來，但鐵鉉就是不給他這點基本的尊重。最後，明太宗將其磔殺，年僅三十六歲。明代中葉濟南府便在濟南立七忠祠，紀念鐵鉉等七
